[比较基因组] 基因家族聚类（Orthofinder）

作者: 17号小行星 | 来源:发表于2020-12-07 22:20 被阅读0次

Orthofinder-安装、原理与示例数据运行
[比较基因组] 基因家族聚类（Orthofinder）
基因家族聚类之OrthoFinder
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基因家族分析 | 同源基因家族聚类（orthofinder）
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利用orthofinder寻找单拷贝基因构建系统发育树
[比较基因组] 基因家族聚类(orthovenn2)
宏基因组CAG、MGS、MLG以及Bin、MAG、Draft g
CAFE输出结果整理2——提取特定Orthogroups里某个物

输入数据
下载蛋白数据，提取最长转录本（可利用TBtools中的Fasta Get Representive）
Orthofinder

conda install orthofinder

配置文件 run_orthofinder.sh

image.png
运行

nohup sh run_orthofinder.sh > data.out.log 2>&1 &

结果

image.png
结语
Orthofinder的结果更适合做下游分析，例如结果文件中的MultipleSequenceAlignments中的SpeciesTreeAlignment.fa文件可用于建物种树。

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