[比较基因组] 基因家族聚类（Orthofinder）

• 输入数据
  下载蛋白数据，提取最长转录本（可利用TBtools中的Fasta Get Representive）
• Orthofinder

conda install orthofinder

• 配置文件 run_orthofinder.sh

  
  image.png
• 运行

nohup sh run_orthofinder.sh > data.out.log 2>&1 &

• 结果

  
  image.png
• 结语
  Orthofinder的结果更适合做下游分析，例如结果文件中的MultipleSequenceAlignments中的SpeciesTreeAlignment.fa文件可用于建物种树。