OrthoFinder比较基因组确定基因家族

简介
OrthoFinder是用于比较基因组学的快速，准确和全面的平台。 它查找直系群和直系同源物，推断所有直系群的根源基因树，并识别这些基因树中的所有基因重复事件。 它还为要分析的物种推断出一个有根的物种树，并将基因复制事件从基因树映射到物种树中的分支。 OrthoFinder还为比较基因组分析提供全面的统计信息。 OrthoFinder易于使用，您只需要运行一套FASTA格式的蛋白质序列文件（每个物种一个）即可。

文章
文章1：OrthoFinder: phylogenetic orthology inference for comparative genomics. Genome Biology 2019
引用：448

文章2：OrthoFinder: solving fundamental biases in whole genome comparisons dramatically improves orthogroup inference accuracy. Genome Biology 2015
引用：1545

安装
GITHUB: https://github.com/davidemms/OrthoFinder
conda安装：

conda install orthofinder

引用举例

文章：Insights on the Evolutionary Genomics of the Blautia Genus: Potential New Species and Genetic Content Among Lineages. Frontiers in Microbiology 2021

方法：
1 OrthoFinder确定conserved single-copy gene families
2 每个orthogroup用MAFFT比对合并为单拷贝orthogroup
3 ModelTest-NG计算最佳进化模型
4 IQ-TREE构建物种树
另外
5 用panX核心基因组计算SNP-based树
6 R包phytools函数cophylo比较氨基酸和SNP-based树
7 异常的taxa使用TypeMat评估

感谢热心朋友提到cafe分析基因家族进化

cafe4计算基因家族进化: https://github.com/hahnlab/CAFE
cafe5计算基因家族进化: https://github.com/hahnlab/CAFE5