全长转录组软件安装

pacbio sciences

1.conda安装

1. 直接安装

    conda install astalavista transdecoder gmap

python 2.7

conda install cpat

2.手动安装

2.1 CNCI（lncRNA）

link

1. install

git clone git@github.com:www-bioinfo-org/CNCI.git
cd CNCI
unzip libsvm-3.0.zip
cd libsvm-3.0
make
cd ..

2.2 PLEK

1. site
   https://sourceforge.net/projects/plek/files/
   python PLEK_setup.py

2.3 MISA

http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/misa.html

2.3 CPAT

1.source activate Icey
capt.py

2.4 cDNA_Cupcake/tofu

link tutorial

1. 包含collapse_isoform_by_sam.py fusion_finder.py
2. 安装：进环境Icey

$ git clone https://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake.git
$ cd cDNA_Cupcake
$ python setup.py build
$ python setup.py install

3.报错：找不到 <lzo1x.h>
yum install zlib1g-dev需要管理员权限

2.5 MatchAnnot

https://github.com/TomSkelly/MatchAnnot/blob/master/INSTALL
python 2.7

2.6 ORFfinder

1. NCBI：
   https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/
   下载就只有执行文件，运行后报错。GCC版本需要改至4.9，但其他程序都需要4.8.暂弃

3.个人添加软件

1. lncRNA
   link

2. ANGEL：orffinder
   link
   需要python2.7的环境，并有biopython和scikit-learn