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启动子顺式作用元件 之 PLACE数据库是怎么用的??

启动子顺式作用元件 之 PLACE数据库是怎么用的??

作者: 种菜的小王 | 来源:发表于2020-04-03 22:30 被阅读0次

    写在前面:如果你不知道顺式作用元件是什么?请翻阅之前的文章:顺式作用元件的认识、查找、分析

    正文在这:今天有一个小伙伴在公众号私信问我PLACE数据库怎么用

    原谅我马赛克打的太丑

    然而对于长期使用PLANTCARE的我来说,这个问题有点超纲。

    不过没事,不懂咱就学,还能咋滴是不是,毕竟实验汪的核心竞争力就来源于非常有耐心,学的快,上手快。

    首先,最常用的两个分析网站的区别是?

    植物顺式作用调控元件(PLANTCARE)数据库不仅收录了植物顺式作用元件,而且收录了植物增强子(enhancer)和抑制子(inhabitor)。

    植物DNA顺式作用调控元件(PLACE)数据库是从已发表文献中搜集的植物的DNA顺式作用元件的基序(motif),该数据库标注了每个基序和相关文献摘要,但是仅包含维管植物。

    来源于:王秋岩,何淑雅,马云,李俐娟,李斌元.启动子分析方法的研究进展[J].现代生物医学进展,2015, 15(14):2794-2800.

    其次,两个分析网站的分析结果如何分析?

    PLANTCARE的结果应不用多说吧,花花绿绿的元件,点击小加号,来源物种,具体位置和motif,功能一目了然。

    PLANTCARE结果图

    但是PLACE的结果就让人有点不知所措了,密密麻麻的小子,整体颜色也让人感觉很严肃。

    PLACE结果图一

    以上图为例,首先1199是你输入序列的碱基数,(+)(-)则分别表示motif是正向(5’——》3‘)还是反向;接下来,让我们点开蓝色小字S000265,页面自动跳转到其详细内容

    PLACE结果图二

    如果你想看懂这个结果,就一定要明白左侧的字母含义,所有含义均在下方列出,相信聪明的你肯定一看就懂哈。

    ID, a unique identifier;

    AC, a unique accession number; 同S000XXX

    DT, date of update;

    DE, a brief description of the motif;主要也就是看看这里。

    KW, keywords;

    OS, common name and/or scientific name of plant species;

    RA, author name(s) of a relevant report; 

    RT, title of the report;

    RL, bibliographic information of the report; 

    RD, PubMed ID numbers (of MEDLINE database at NCBI-NIH, USA) and/or GenBank accession number, where available;这里需要注意的是,并不是每个reference都有PubMed ID,如果有的话,恭喜,你可以点击PubMed ID直达原文。

    (repeat RA to RD for up to seven reports); 

    SQ, motif sequence。

    怎么样,简简单单,

    PLACE快速上手,PLACE详解你值得拥有,觉得有用点个赞再走8!

    微信搜索“今天吃了橙子”,回复”PLACE“,获取PLACE使用说明文献哦。

    也欢迎相互交流,科研磨人,看到消息就会回复,说不定你的问题我就能解决呢,wink~

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