关联分析绘图

简化基因组
R ggplot2

library(ggplot2)
a<-read.table('trait1.glm.stat',header = T)
a1<-subset(a,select=c(Trait,Pos,p))
a2<-data.frame(a1,log10(a1[,3]))
names(a2)=c("Trait","Pos","p","LOD")
ggplot(a2,aes(Pos,LOD,fill=Trait,col=Trait))+geom_point(size = 1.0)

a2的数据结构：

图片.png

结果：

图片.png