bam2bw

作者: 苏牧传媒 | 来源:发表于2018-11-19 22:10 被阅读2次

    ref:bam2bw,上传ucsc可视化 - 简书

    deeptools Installation

    conda install -c bioconda deeptools

    bamCoverage 转化为bw文件

    bamCoverage -b accepted_hits.bam -o SRR2064456.bw

    另一种方法:

    size=mm10.chr.size

    sort -k1,1 -k2,2n OHT1.bedgraph > OHT1.sorted.bedgraph 

    bedGraphToBigWig OHT1.sorted.bedgraph $size OHT1.bigwig

    bigWigToWig OHT1.bigwig OHT1.wig

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