MCMCtree建树流程2024-08-19

整个流程是使用氨基酸序列进行分歧时间推断。

输入文件准备

• 符合paml格式要求的phy

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Acosmetura_nigrogeniculata_NC_045212          -MMTNLFSVFDPSTNIM-NLSLNWLSTIIGMMILPL
Alloxiphidiopsis_emarginata_NC_065298         -MMTNLFSVFDPSTNIM-NLSLNWLSTFLGMMVLPL
Anabropsis_guangxiensis_NC_068726             --MTNLFSVFDPSTSIM-NTSLNWTSTFIGLLMIPS
...

如果格式不符合要求可以使用trimal自带工具制作符合要求的文件。
readal -in $in -out $out.phy -phylip_paml

• 带有化石标记的有根树

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(OG_Schizodactylus_jimo_NC_068225,((...)'>0.592<0.616')))'@2.901';

我们可以使用gotree快速获得去除支持度和枝长的结构树:
cat $input_tree | gotree brlen clear |gotree support clear >out.tree
树文件的第一行是物种数量空格树的数量
mcmctree的单位是亿年（100个Mya），所以一般我们要把获得时间单位除以100. 化石标记的结构：>最年轻时间<最古老时间，@大约时间

配置mcmctree.ctl文件

整个文件除了上述的两个输入文件外，真正需要计算的只有rgene_gamma、sigma2_gamma。根据之前写的计算rgene_gamma我们可以自行计算。sigma2_gamma则是根据文献选择昆虫纲的经验值sigma2_gamma = 1 4.5，参见之前的内容。配置齐活，就可以开始mcmctree mcmctree.ctl两次，进行分歧时间计算了，计算结束后如果两个run结果接近就可以使用了。
最好也输入RootAge =。

for me

1. 准备两个输入文件；检查树文件的第一行为物种数量 树的数量。
2. 同一个文件夹下，执行Step1_rgene_gamma_AA.sh
3. 将rgene_gamma输入到mcmctree.ctl，同时修改RootAge =
4. 运行Step2-3_mcmctree_AA.sh
5. 两个run运行结束，执行收敛检查Step4_Convergence_verification.sh