2018-12-10

2018.12.10

课堂笔记：

• 建库 方式 ，质控 ； 定量，发现新的基因；

• ⁉ 有参 转录组 ？ 无参考基因组？

• GFF/GTF 比对工具 HISAT2 ； sambools

• Q20 ，Q30，GC 含量（每个样品之间小于2%，超过这个值很可能被细菌污染）；reads sum

  找参考基因组？3G， 建库 MP 和PE 建库；sanger 测序，二代测序 通量高；三代测序 读长？；

• 测序→ 比对→HISSAT2 ，STAR ，比对效率的监控

• PCA 分析 样本数大于5，功能： 相关性高的放在一起；

• WGCNA 分析

• 二代测序 SRP 号 accession list；

• 软件下载 1，，2源代码，3，镜像安装；

• anaconda 搜索 miniconda 清华 然后看帮助文档 ；建议装python2

• shell ，less 查看文本文档，ll -tr 的功能， .sh 是一个文本文件

• 安装 wget bash 是否把路径放到环境变量里边（export PATH="/home/vip15/miniconda2/bin:PATH"

• ⁉ 第一个必须？第二个必须是$？）；.bashrc 和bashrc 的区别；

• 子命令 不能用tabla 匹配， minicoda 三个done 表示安装完成；

• 质控，fastq 4的倍数 什么意思？

• fastq 软件质控，multiqc，

• 装包 cran install.packages ,BiocManager 第三种方法： GitHub

听linux 视频笔记

• 要学习的资料 ： linux 常用命令.png linux 常用命令 的书籍 看一遍；

• 通配符 是批量处理的高效 符号

• linux 系统认知 主要是Windows 是采用图文一起进行 命令采集的，而且通过点击进行查看的。linux系统则要求你用心的 发出你的命令，而且要熟悉每个命令的具体参数，Linux 系统里的命令更方便被召唤，但是就像一本字典，你得记住每一个 命令；
  常用命令（什么时候 都得遵循语法 遵循语法哈）

• 命令名称 | 功能 | 易犯错误

  ps -ef | |查看运行程序
  sleep 100 & 后台运行服务器
  ps -ef |grep sleep 查看后台挂在程序
  ls table pwd 用100遍以上
  echo 内容打印到屏幕上

• 文本处理命令
  文件处理命令
  ls {-a，-l，-t，-h，-r} 以各种参数显示文件基本信息
  mkdir { -p}， 创建目录或者嵌套目录
  rmdir -r 删除文件及文件夹

• 对 文本文件处理
  命令 功能 注意事项
  touch 创建
  cat 瞄一眼
  less 全部分屏查看
  head；tail 查看前4行
  ”>“；>> 重定向
  vi 对文本进行编辑
  | 管道符号 ，上一条指令的<br />output 作为下一条指令的input
  i :wq 编辑开始 ，并保存