学习小组Day3——linx瑜

作者: Linx鱼 | 来源:发表于2019-05-22 21:06 被阅读0次

    软件的搜索、安装及卸载

    1. bzip2(为什么需要这个压缩命令?难道下载的软甲都是压缩包 需要bzip2解压缩??)
      yum install -y bzip2 (-y应该放在软件前还是后还是都可以?后面有install fastqc -y)
    2. 需要应用商店--miniconda(鼠标左键复制 右键黏贴)
      2.1. 下载miniconda wget 下载链接
      2.2. 运行miniconda bash
      2.3. 激活conda source ~/ .bashrc
    3. 添加镜像
      (conda config --remove-key channels )
      conda config --add channels r
      conda config --add channels conda-forge
      conda config --add channels bioconda
      conda config --set show_channel_urls yes
    4. conda的使用
      4.1 查看软件列表 conda list
      4.2 搜索软件 conda search XX
      4.3 安装软件 conda install XX -y XX=n.nn指定版本号为n.nn
      4.4 卸载
    5. conda环境
      5.1. 查看环境 conda info --envs
      5.2. 建立环境 conda create -n XX python=3 XX XX 创建XX环境的同时下载XX XX软件 此时下载软件为什么不用list search install
      5.3. 激活新环境 conda create XX
      5.4. 卸载
      5.4.1. 卸载某软件 conda remove -n rna-seq fastqc -y
      5.4.2. 卸载整个环境 先conda deactivateconda remove -n rna-seq --all

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