使用Chatgpt在R中绘制双y轴图

作者: 徒唤奈何_c5f0 | 来源:发表于2023-05-10 14:04 被阅读0次

2021-01-14 ,matplotlib绘图——散点图
geom_bar()之报错
已解决：ggplot2：Error: stat_count()
Matplotlib基础用法
iOS 一个UIView搞定图表
pyecharts 绘制双Y轴图像
利用R绘制双坐标轴图
基于Objective-C实现的单Y轴、双Y轴，可以渐变色折线图
R 数据可视化 —— gtable 介绍
R 数据可视化 —— 绘制多个 Y 轴（补充）

如何使用chatgpt帮助画出正确的图。表格中是当前使用的数据，我们需要画出一个折线图和柱状图，柱状图数据是Exp列，+-列分别为error bar的上下bar高度。Length列为折线图数据。

Gene	Exp	Length	Exp+	Exp-	Length+	Length-
1	1000	300	50	70	17	16
2	1200	400	50	70	17	16
3	1400	200	50	70	17	16
4	1600	210	50	70	17	16
5	1800	260	50	70	17	16
6	2000	230	50	70	17	16
7	2200	260	50	70	17	16

1第一次要求和代码

Q:

Gene	Exp	Length	Exp+	Exp-	Length+	Length-
1	1000	300	50	70	17	16
2	1200	400	50	70	17	16
3	1400	200	50	70	17	16
4	1600	210	50	70	17	16
5	1800	260	50	70	17	16
6	2000	230	50	70	17	16
7	2200	260	50	70	17	16

数据如上，请读入这些数据，并使用R绘图。画出一个折线图和柱状图，柱状图数据是Exp列，Exp+和Exp-列分别为柱状图error bar的上下bar高度。Length列为折线图数据，Length+和Length-列分别为折线图数据error bar的上下bar高度。

 #chatgpt回复:在R中，您可以使用ggplot2包来创建折线图和柱状图，并使用geom_line()和geom_bar()函数来添加数据点和误差线。以下是使用给定数据创建折线图和柱状图的示例代码：
 # 安装和加载所需的包
 install.packages("ggplot2")
 library(ggplot2)
 
 # 创建数据框
 data <- data.frame(
   Gene = 1:7,
   Exp = c(1000, 1200, 1400, 1600, 1800, 2000, 2200),
   Exp_plus = c(50, 50, 50, 50, 50, 50, 50),
   Exp_minus = c(70, 70, 70, 70, 70, 70, 70),
   Length_plus = c(17, 17, 17, 17, 17, 17, 17),
   Length_minus = c(16, 16, 16, 16, 16, 16, 16)
 )
 
 # 创建折线图
 line_plot <- ggplot(data, aes(x = Gene, y = Length)) +
   geom_line() +
   geom_errorbar(aes(ymin = Length - Length_minus, ymax = Length + Length_plus), width = 0.2) +
   labs(x = "Gene", y = "Length") +
   ggtitle("Gene Length") +
   theme_minimal()
 
 # 创建柱状图
 bar_plot <- ggplot(data, aes(x = Gene, y = Exp)) +
   geom_bar(stat = "identity") +
   geom_errorbar(aes(ymin = Exp - Exp_minus, ymax = Exp + Exp_plus), width = 0.2) +
   labs(x = "Gene", y = "Exp") +
   ggtitle("Gene Expression") +
   theme_minimal()
 
 # 绘制折线图和柱状图
 grid.arrange(line_plot, bar_plot, nrow = 2)
 #运行上述代码后，您将会得到包含折线图和柱状图的图形输出。折线图显示了Gene的Length数据以及对应的误差线，柱状图显示了Gene的Expression数据以及对应的误差线。您可以根据需要对图形进行自定义和美化。

2 报错，无法运行。根据要求描述的问题修改

#R中运行报错：
Error in grid.arrange(line_plot, bar_plot, nrow = 2) :
  could not find function "grid.arrange"
#把这段报错复制给chatgpt

chatgpt的回复：
抱歉，似乎我之前的回答中出现了一个错误。grid.arrange()函数不是ggplot2包的一部分。您可以使用gridExtra包中的grid.arrange()函数来排列多个图形。请先安装并加载gridExtra包，然后尝试以下修正后的代码：

# 安装和加载所需的包
install.packages("gridExtra")
library(ggplot2)
library(gridExtra)

# 创建数据框
data <- data.frame(
  Gene = 1:7,
  Exp = c(1000, 1200, 1400, 1600, 1800, 2000, 2200),
  Length = c(199.7917187, 276.7188596, 292.2953731, 222.4197928, 259.2965062, 230.9831478, 266.3654985),
  Exp_plus = c(50, 50, 50, 50, 50, 50, 50),
  Exp_minus = c(70, 70, 70, 70, 70, 70, 70),
  Length_plus = c(17, 17, 17, 17, 17, 17, 17),
  Length_minus = c(16, 16, 16, 16, 16, 16, 16)
)

# 创建折线图
line_plot <- ggplot(data, aes(x = Gene, y = Length)) +
  geom_line() +
  geom_errorbar(aes(ymin = Length - Length_minus, ymax = Length + Length_plus), width = 0.2) +
  labs(x = "Gene", y = "Length") +
  ggtitle("Gene Length") +
  theme_minimal()

# 创建柱状图
bar_plot <- ggplot(data, aes(x = Gene, y = Exp)) +
  geom_bar(stat = "identity") +
  geom_errorbar(aes(ymin = Exp - Exp_minus, ymax = Exp + Exp_plus), width = 0.2) +
  labs(x = "Gene", y = "Exp") +
  ggtitle("Gene Expression") +
  theme_minimal()

# 绘制折线图和柱状图
grid.arrange(line_plot, bar_plot, nrow = 2)

3 更改描述，让chatgpt更清楚需求

Q：折线图和柱状图放在同一个图中，折线图用副y轴
chatgpt给的代码可以运行，跑出来一个合并图，如下。需要更改描述，我们需要的是双y轴图。

运行结果1，分开的图合在一起

4 修改之前描述中的问题，让chatgpt给出双y轴图的代码
Q：这里创建了两个图并且合并在一起，这不是我想要的。我想创建一个双y轴图展示这些数据

# chatgpt给的代码
data <- data.frame(
  Gene = 1:7,
  Exp = c(1000, 1200, 1400, 1600, 1800, 2000, 2200),
  Length = c(300, 400, 200, 210, 260, 230, 260),
  Exp_plus = c(50, 50, 50, 50, 50, 50, 50),
  Exp_minus = c(70, 70, 70, 70, 70, 70, 70),
  Length_plus = c(17, 17, 17, 17, 17, 17, 17),
  Length_minus = c(16, 16, 16, 16, 16, 16, 16)
)

# 创建绘图对象
p <- ggplot(data)

# 绘制柱状图
p <- p + geom_bar(aes(x = Gene, y = Exp), stat = "identity", fill = "lightblue") +
  geom_errorbar(aes(x = Gene, ymin = Exp - Exp_minus, ymax = Exp + Exp_plus), width = 0.2) +
  labs(y = "Exp")

# 绘制折线图
p <- p + geom_line(aes(x = Gene, y = Length * 10), color = "red") +
  geom_errorbar(aes(x = Gene, ymin = Length * 10 - Length_minus * 10, ymax = Length * 10 + Length_plus * 10), width = 0.2) +
  labs(y = "Length (scaled)", color = "red")

# 设置双 Y 轴
p <- p + scale_y_continuous(
  sec.axis = sec_axis(~./10, name = "Length"),
  name = "Exp"
)

# 设置图形标题和图例
p <- p + labs(title = "Gene Expression and Length") +
  scale_color_manual(values = "red", labels = "Length")

# 显示图形
print(p)
#得到了想要的代码