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自制生信小程序

自制生信小程序

作者: 花生学生信 | 来源:发表于2022-12-01 21:21 被阅读0次

今天又是学习的一天,学习了用R自制服务器生信小程序,想想以前实习学了两周的perl,真是时光催人老。

其实想要把R脚本变成键入式的小程序也很简单,只需在R脚本下添加参数:

args <- commandArgs(TRUE)

####添加注释内容
if(length(args) !=2){
    cat('usage:Rscript boxplot.R expr group, expr is expr matrix,group is group inf')
    quit("sys error, pls reput")
}else{
expr=read.csv(args[1],header = T,row.names = 1)
group=read.csv(args[2],row.names = 1)
}

然后运行
Rscript R.R arg1 arg2

又画了一张图,对称云雨图

image.png

做ppt有点久,加油

沾了团队的光

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