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2018-10-06 往NCBI上面上传数据

2018-10-06 往NCBI上面上传数据

作者: 小郑的学习笔记 | 来源:发表于2018-10-06 18:27 被阅读80次

如果你有测序的数据,在文章写完要发表的时候,杂志社可能会要求你把数据上传到公共的数据库,这个时候要学习一下如何上传数据到NCBI,其实网络上已经有详细的教程了,我还是记录一下,下次用的时候方便回忆。

  1. 创建NCBI的账号
    记得邮箱要激活

  2. 点击主页上的submit


    从submit 开始

3.先建立Bioproject
有一系列的值要填写,这个按照自己的样本填写

  1. 再创建biosample
    一个bioproject 可以有多个biosample, 这个biosample 可以在创建bioproject 过程中全部创建好,也可以之后单独创建,到时候link 到同一个bioproject 即可

  2. 创建SRA
    也是按照说明一步一步来,最后link到对应的biosample 和 bioproject中

其实总的来说就是bioproject - biosample-sra

这里面有几个要注意的

  1. 不同的内容会有不同的excel表格要填写,填完之后上传会检测一下是否符合条件
两份excel
  1. 上传最好使用aspera 数据量大的话使用命令行的aspera ,这样更加方便

  2. 出现错误不要慌张,我完全按照流程上传了文件,但是系统检测出现error,我发邮件过去,NCBI那边会帮忙马上解决,服务很不错,有不懂或者更改的,都要发邮件过去咨询。

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