给装不上PASA的人的一剂良药

笔者试了几天，死活装不上PASA，几乎绝望了，幸好在PASA的官网上发现可以用docker来安装，太高兴了。貌似国内没有教程，写一下吧。
官方链接在此
docker是类似虚拟机的软件，注意要使用的docker要有root权限。

首先安装docker：
sudo apt instlall docker
接着在docker里安装PASA：
docker pull pasapipeline/pasapipeline

接下来创建一个文件夹，把要用到的基因组文件和转录组组装文件还有alignAssembly.config配置文件都拷贝进来，文件夹地址以/raid1/data为例，自己用的时候把这个地址改成自己的地址就好。

mkdir /raid1/data 
cd /raid1/data
拷贝genome_sample.fasta all_transcripts.fasta.clean alignAssembly.config进来


docker run --rm -it -v /tmp:/tmp -v /raid1/data:/raid1/data pasapipeline/pasapipeline:latest 
这个相当于进入了配置好PASA的虚拟环境，PASA在这个路径：/usr/local/src/PASApipeline。
这样就可以进行各种PASA软件的操作了，比如基因结构预测：
cd /raid1/data
/usr/local/src/PASApipeline/Launch_PASA_pipeline.pl -c sqlite.confs/alignAssembly.config -C -R --ALIGNER gmap -g genome_sample.fasta -t all_transcripts.fasta.clean