比较两组seqdata画TSS Average Profile

比较两组seq data 在TSS，的reads Avgprofile

1. 如果没有bw.file ,用 bamcoverage （option 5’ 端）
   再 bigwigCompare， reference 的bed file 要分开strand。
2. NGSplot （R based）

以下：
关于NGSplot的安装和使用，中文介绍，点这里，ngsplot辅助CHIP-seq数据分析-可视化

安装超级简单啦，只需要去Google的云盘里下载软件和测试数据咯
cd ~/biosoft
mkdir ngsplot && cd ngsplot

download by yourself:

https://drive.google.com/drive/folders/0B1PVLadG_dCKN1liNFY0MVM1Ulk

tar -zxvf ngsplot-2.61.tar.gz
tar zxvf ngsplot.eg.bam.tar.gz ## 测试数据非常给力，清楚的说明了，CHIP-seq数据分析-可视化需要什么样的数据。
cp ../ngsplot/example/config.example.txt ./ ## 在后面的测试代码需要用
echo 'export PATH=/home/jianmingzeng/biosoft/ngsplot/ngsplot/bin:$PATH' >>~/.bashrc
echo 'export NGSPLOT=/home/jianmingzeng/biosoft/ngsplot/ngsplot' >>~/.bashrc
source ~/.bashrc
## 需要你的服务器安装好R，并且你自己手动安装好这几个包。
install.packages("doMC", dep=T)
install.packages("caTools", dep=T)
install.packages("utils", dep=T)
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite( "BSgenome" )
biocLite( "Rsamtools" )
biocLite( "ShortRead” )