参考文献 Centromere Satellite Repeats Have Undergone Rapid Changes in Polyploid Wheat Subgenomes [PubMed]
探针分析步骤
- 用BWA-MEM软件将CenH3的ChIP-seq数据映射到基因组上，看着丝粒处富集情况，同时也起到标记染色体着丝粒在基因组上位置的作用。
- 从计算上确定基因组中的重复序列。使用RepeatExplorer软件进行序列聚类分析，从头鉴定重复序列。
- 研究这些重复序列是否富含抗CenH3 ChIP的数据。用BLAST分析将CENH3-ChIP-seq和Input的片段映射到分析出来的重复序列 → 分别统计CENH3-ChIP和Input中可以Blast到重复序列库的hit数 → 用CENH3-ChIP：Input的比率表示CENH3富集水平 → CENH3-ChIP：Input值大于1.5的hits可以用于进一步分析。
- 使用RpeatMasker选取在着丝粒区附近且在未匹配基因组重复次数高的223bp的卫星重复序列。
- 合并CENH3-ChIP-seq和Input的数据，并用BWA-MEM软件将这些数据map到重复序列区段。分析CenH3与DNA结合区域重复序列的关系。
所用软件
- Burrows-Wheeler Aligner (BWA)-MEM
- RepeatExplorer
- RepeatMasker
- Blast
- nucleR
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