理解autodock分子对接思路和流程

总结

准备工作：

设置工作目录，用pymol去除水分子，分离蛋白和小分子，得到各自的pdb文件。

（如果是预测得到的蛋白pdb，那就直接拿来用咯，如果是已知结构可从pdb数据库下载。需要分离或者查找到小分子的3d结构。推荐的网址：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/5365872#section=Top）

第一步：准备坐标文件（pdbqt）

pdbqt是AutoDock 特定的坐标文件格式，包括：
1）极性氢原子；
2）局部电荷；
3）原子类型
4）柔性分子的节点信息
因此，将蛋白和小分子各自导出为pdbqt文件：
蛋白：加氢、计算电荷、添加原子类型
小分子：加氢、计算电荷、确定root（扭矩中心），选择可旋转的键。
注意：小分子作为配体，它的读取和导出都在Ligand菜单进行。

第二步：Grid

利用 AutoDockTools 创建 grid 格点参数文件(GPF)，主要是设置gridbox的中心坐标和大小。
运行autogrid，工作目录会多出一个glg文件和一些mapping文件。

第三步：docking

在 AutoDockTools 中生成对接参数文件(DPF)，包括算法和对接参数。
运行autodock，工作目录会多出一个dlg文件。

第四步：分析对接结果-Analyze

使用 AutoDockTools 分析对接结果dlg文件，选择最好的导出为pdbqt，再转换为pdb格式。