单细胞差异基因EnrichmentMap使用教程

参考文献
EnrichmentMap分析有助于研究人员获得从基因组规模产生的基因列表的机制洞察组学实验。这种方法确定了在基因列表中丰富的生物学途径。我们解释了途径富集分析的程序，并给出了一个实际的步骤指南，以帮助解释从rna序列和基因组测序实验产生的基因列表。协议包括三个主要步骤:definition of a gene list from omics data, determination of statistically enriched pathways, and visualization and interpretation of the results。
主要流程如下：

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本教程主要是对单细胞测序不同细胞类型差异基因进行EnrichmentMap分析
1、在R studio中统计不同细胞类型中的差异基因

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2、在g:Profiler中统计不同细胞类型差异基因的富集通路
g:Profiler官网
一、输入格式
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二、输出文件下载（选择所有通路）
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三、下载GMT文件
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3、cytoscape中导入g:Profiler文件
cytoscape中apps中选择enrichmentmap，进入这个界面输入单细胞每个细胞类型的差异基因g:Profiler输出文件
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4、在app中选择autoannotation，new annotation set到create annotation
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一、 在自动注释中选择注释，就能通过鼠标拉动大的注释结点移动了
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二、定义细胞颜色
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三、Node颜色根据细胞类型分配
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四、去除小结点的label
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五、导出Fig legend
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