抗生素耐药性细菌病原体是当今非常具有挑战性的问题。幽门螺杆菌是最广泛和最成功的人类病原体之一，因为它定植于世界一半的人口中，导致慢性和萎缩性胃炎、消化性溃疡、粘膜相关淋巴组织淋巴瘤，甚至胃腺癌。此外，它表现出对多种抗生素的耐药性。
幽门螺杆菌的关键转录因子之一，HP1043，在调节基本细胞过程中发挥着重要作用。与其他细菌转录因子一样，HP1043 不显示真核生物同源物。这些特性使 HP1043 成为开发新型抗菌策略的有希望的候选者。
药物重新定位是药物开发中采用的相对较新的策略。在新目标上测试批准的药物大大减少了这个过程的时间和成本。结合计算和体外方法进一步减少了要在体内测试的化合物的数量 。我们的目标是确定能够阻止 HP1043 与 DNA 启动子结合的已知药物子集。这一结果是通过对 HP1043 二聚体上约 14,350 个分子的结合能力进行分子对接评估而得出的，该二聚体具有与 DNA 结合和未结合的两种构象。采用包括 MMGBSA 分子动力学在内的特设管道，获得了七种药物的选择。这些在体外通过电泳迁移率变动测定进行测试，以评估 HP1043-DNA 相互作用。其中，三个返回的有希望的结果显示 HP1043 的 DNA 结合活性显着降低。
总体而言，我们应用了一种计算方法以及对结果的实验验证来筛选大量已知药物对一种幽门螺杆菌必需转录因子。这种方法可以快速减少要测试的药物数量，并且药物重新定位方法大大降低了药物设计成本。经鉴定的药物不属于相同的药物类别，并且通过计算分析，结合不同的位点，但都显示出 HP1043 在 DNA 上的结合活性降低。
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