Docker部署Rstudio Server【二】：docker

上一节内容我们成功将Rstudio Server镜像运行起来，这一节让我们把docker镜像打造成可实际使用的工具。

docker镜像运行中的关键参数

目录映射-v

docker容器内，事实上是个完整的linux系统。这个系统共享宿主机内核，但其上层却是和宿主机隔离的，因而docker内部可以随意折腾，而不必担心把宿主机的系统弄崩溃。

上一节，我们成功开启了docker容器，但是通过网页进入Rstudio后，发现里边无法找到我们所需要的文件！若需要用这个Rstudio处理宿主机上的数据，我们需要将宿主机上的路径映射如容器内。通过-v参数实现，命令格式-v outDir:inDir，outDir为宿主机的路径，inDir为docker容器内映射的路径，两者都需要写绝对路径！实际运行的命令示例如下：

docker run  -p 8787:8787 -e PASSWORD=yourpasswordhere \
                      -v /mnt/public:/home/rstudio/public_data \
                      rocker/rstudio 

此时，再通过网页登录Rstudio，会在/home/rstudio/public_data中看到主机上/mnt/public目录下的文件。我们可以通过多个-v参数，往容器中挂载多个路径。

端口映射-p

-p参数将容器内部的端口映射到宿主机上，以便容器能够能够对外提供服务或者方便外部访问宿主机。命令格式-p outPort:inPort，outPort为映射出的宿主机端口，inPort为容器内部端口。Rstudio容器有下面几个重要端口：

• 8787 : Rstudio对外服务端口，不解释
• 3838 : Shiny Apps对外服务端口。Rstudio Server的docker镜像也可以作为Shiny服务器打开
• 6311 : Rserve 对外服务端口。安装并启动Rserve包，则容器可以成为R服务器，为其他诸如C++/Java/PHP/Python/Ruby/Nodejs等提供远程后台服务

上述端口可以通过Rstudio Server以及相应配置文件进行自定义，这里不赘述。

若宿主机同时运行多个镜像，切记多个镜像间，端口不要冲突！ 例如，某个正在运行的Rstudio容器，已经占据了8787端口，那么新启动的Rstudio容器，需要避开这个端口，例如将端口设置为-p otherPort:8787等，否则容器启动时会有相关报错信息提示。

环境变量-e

相同的镜像可以构建成为不同的容器，通过定义容器内部环境变量是常用的手段。使用-e参数定义容器内部环境变量，命令格式：-e ANYENV=xxxxxx。多个环境变量通过多个-e参数实现。Rstudio server中可定义的常用环境变量如下：

• PASSWORD：Rstudio Server登录密码，变量值可随意指定，这个必须设置！
• ROOT：Rstudio用户可否使用sudo？若设定-e ROOT=true则Rstudio用户可通过sudo在容器内行使root权限。
• USER：Rstudio用户名，默认为rstudio，可以自定义
• USERID/GROUPID：用户和用户组ID。普通用户登录到宿主机上，在命令行中输入id然后回车，可直接查看自己的用户ID(uid)和用户组ID(gid)。俩变量默认值都是1000。这俩环境变量，连同上面的USER，在建立容器的时候强烈建议设置成与宿主机上自己用户一致，以便容器内外文件访问与读写权限统一。
• ADD：若设定-e ADD=shiny，则容器会同时成为shiny应用服务器（若使用这个shiny服务器，还需要映射3838端口）。

上述环境变量，以及更多环境变量的作用和设置，直接看Rstudio Server镜像的代码userconf.sh和add_shiny.sh，代码写的比Mannual清晰明确的多！

使用docker-compose建立镜像

上面介绍了几个重要参数，那么我们可以写一个长长的命令，来构建我们的Rstudio容器：

docker run  --name myRstudio -d --restart always\
  -p 8787:8787 \
  -p 3838:3838 \
  -e USER=user \
  -e PASSWORD=passwd \
  -e USERID=1000 \
  -e GROUPID=1000 \
  -e ADD=shiny \
  -v /mnt/public:/home/rstudio/public_data \
  -v /home/user/R_workdir:/home/user/R_workdir \
  rocker/rstudio:3.6.1 

根据需要，这个命令行仍然可以继续延伸下去。。。

docker-compose方便了我们设置多个容器参数（它的意义绝不限于此！），于是我们新建一个yaml格式的配置文件myRstudio.yaml，内容如下：

version: "3"  # xml版本
services:
    rstudio:
        restart: always
        image: rocker/rstudio:3.6.1 
        environment:
          - PASSWORD =passwd  # PASSWD
          - USER =user   # 指定用户名
          - WKUID=1000   # 指定用户ID, 默认是1000
          - WKGID=1000   # 指定用户GROUPID，默认是1000 ， 这个和WKUID设置成和宿主一致可以搞
        ports:     # 端口映射，右边是container里的端口，左边是实际端口
          - 8787:8787
          - 3838: 3838
        volumes:   # 位置映射，右docker内部，左实际
          -  /mnt/public:/home/rstudio/public_data
          - /home/user/R_workdir:/home/user/R_workdir
        container_name: myRstudio

然后，运行下面的命令启动Rstudio容器：

docker-compose -f myRstudio.yaml up -d