实用干货 | 可视化软件 Loupe Browser 的使用

今天，我们来介绍一个生信小白也可操作的软件——Loupe Browser，这款软件是10x genomics 公司为单细胞转录组数据分析提供的专门的分析结果查看软件。运行该软件需有 cellranger 输出的 *.cloupe 文件。

接下来，我们详细介绍一下该软件~

01 软件下载与安装

首先打开10x genomics官网，进行注册后即可进行该软件的下载，软件适用 Windows 和 Mac 操作系统；大家可选择适合自己的版本进行下载哦。

02 页面介绍

在收到的单细胞测序结果文件夹中找到后缀名为*.cloupe的文件，通过左上角的Open File，导入后缀名 cloupe 的文件，或直接双击*.cloupe文件进行打开，打开成功后的页面如下：

主页面是t-SNE 降维后的结果，图中每个点代表一个细胞条形码，每种颜色代表每个cluster。

a. 分页视图：主页面视图拆分选项；

b. 细胞选择工具：可手动增减细胞或定义细胞所属类；

c. 投影模式选择：cloupe 文件自带 tSNE/UMAP 视图，也可导入带坐标信息是csv文件：第一列为 barcode，第二列为：坐标 1，第三列为：坐标 2)；

d.功能模块：选项框决定视图属性(Categories：展示Cluster 属性；Gene/Feature Expression：展示基因 count 属性；Filter：设置 barcode过滤属性；V(D)J Clonotypes：输入与之对应的 vloupe 文件，查看 B/T 细胞的克隆型)；

e. 差异基因展示：可导出excel ，展示热图/小提琴图；

f. 工具栏：可选择barcode 点大小，导出图片。

03 功能介绍

在Gene/Feature Expression → 输入基因 →未选中基因，通过此操作可查看list中基因在 barcode 中的表达情况，其中图中红色部分即表达 CD79A 或 CD3E 的细胞。

在Gene/Feature Expression → 输入基因 → 选中基因，通过此操作可查看选中基因在 barcode 中的表达情况，其中图中红色部分即表达 CD79A 的细胞。

选中 CD79A 基因，在右下角select by count-active feature list 中选择大于0（即该基因表达量大于零）＞Assign selection，即可对表达 CD79A 的细胞进行重新命名。

这里可看到表达表达 CD79A 的细胞为716个。

本次对 Loupe Browser 的简单使用说明就分享结束，后续我们会继续分享复杂一点的使用教程。比如过滤功能等，大家可持续关注我们哦~