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使用Loupe Cell Browser查看10X单细胞转录组分

使用Loupe Cell Browser查看10X单细胞转录组分

作者: 生信修炼手册 | 来源:发表于2019-01-17 13:29 被阅读102次

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    10X genomics公司不仅为单细胞转录组数据分析提供了配套的cell Ranger软件,同时也提供了专门的分析结果查看软件-Loupe Cell Browser,该软件是一个图形界面的软件,操作非常的方便,支持windows和mac两种操作系统,下载地址如下

    https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latest

    安装好之后,双击启动,界面如下

    在cell ranger软件的输出结果中,有一个名为cloupe.cloupe的文件,该文件就是用于输入到Loupe Cell Browser软件中的。

    通过左上角的File->Open File, 或者Browser for a Loupe Cell Browser File菜单,导入对应的后缀cloupe的文件,导入成功后的页面如下

    默认展示的是t-SNE降维后的2D-plot, 细胞的颜色根据Graph-Based聚类结果进行填充,对于聚类得到的cluster, 可以通过对应的单选框,来调节是否在图中显示该cluster对应的细胞,颜色也可以编辑,更换不同的颜色,通过三角形的下拉按钮,可以查看其它聚类的结果,比如K-means聚类的结果。

    聚类的详细结果,即每个细胞对应的cluster编号,可以通过最右侧的按钮导出到文件中,结果为CSV格式,内容示意如下

    中间的表格显示的是feature  table, 即每个cluster下显著差异的基因列表,示意如下

    默认显示下调的基因列表,可以通过选项进行设置,示意如下

    同时还提供了hetamap的显示结果,示意如下

    以上这些就是该软件的基本功能,相比网页的显示结果,该软件交互式更强,可以更加方便的探究数据,更多功能和用法请参考官方文档。

    ·end·

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