linux 作业 20题

1，在任意文件夹下面创建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夹系列

mkdir -p 1/2/3/4/5/6/7    
tree   # 看构建的结果

2，在创建好的文件夹下面，比如我的是 /Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/6/7/8/9 ，里面创建文本文件 me.txt

touch me.txt   # ls -l 查看 文本

3,在文本文件 me.txt 里面输入内容:

vim me.txt 
# 按 i 进行输入，然后 esc 结束 输入，按：保存，wq 推出

4,删除上面创建的文件夹 1/2/3/4/5/6/7/8/9 及文本文件 me.txt

rm -r ~/1
# 然后回到 home 目录 ~ 看一下 有没有删除  tree

5，在任意文件夹下面创建 folder1~5这5个文件夹，然后每个文件夹下面继续创建 folder1~5这5个文件夹

mkdir -p folder_{1,2,3,4,5}/folder_{1,2,3,4,5}

6,

8，下载 http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed 文件，后在里面选择含有 H3K4me3 的那一行是第几行，该文件总共有几行。

cat text_bed.txt | grep -n "H3K4me3"
less -NS text_bed.txt 

9,下载 ttp://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip 文件，并且解压，查看里面的文件夹结构

unzip rmDuplicate.zip | tree -d

10,打开第九题解压的文件，进入rmDuplicate/samtools/single 文件夹里面，查看后缀为 .sam 的文件，搞清楚 生物信息学里面的SAM/BAM 定义是什么。

cd ~/del/rmDuplicate/samtools/single
ls -a
less -NS tmp.sam

• SAM 是带有比对信息的序列文件（即告诉你这个reads在染色体上的位置等），用于储存序列数据（SAM format is a generic format for storing large nucleotide sequence alignments/mappings. ）。
• BAM is the compressed binary version of the Sequence Alignment/Map (SAM) format. 生物信息中的二进制文件主要是为了节约空间，计算机机可读。可以用samtools工具实现sam和bam文件之间的转化。

11,安装 samtools 软件

cd ~/biosoft
mkdir samtools &&  cd samtools
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.3.1/samtools-1.3.1.tar.bz2 
# 下一步卡住了
  ` >./configure --prefix=/home/jianmingzeng/biosoft/myBin `  #自行修改了文件夹路径 还是不行；

12, 没有安装成功，后边的没办法继续做下去了 😔