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linux 作业 20题

linux 作业 20题

作者: 悦时光_ | 来源:发表于2018-12-09 22:09 被阅读5次

    1,在任意文件夹下面创建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夹系列

    mkdir -p 1/2/3/4/5/6/7    
    tree   # 看构建的结果
    

    2,在创建好的文件夹下面,比如我的是 /Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/6/7/8/9 ,里面创建文本文件 me.txt

    touch me.txt   # ls -l 查看 文本
    

    3,在文本文件 me.txt 里面输入内容:

    vim me.txt 
    # 按 i 进行输入,然后 esc 结束 输入,按:保存,wq 推出
    

    4,删除上面创建的文件夹 1/2/3/4/5/6/7/8/9 及文本文件 me.txt

    rm -r ~/1
    # 然后回到 home 目录 ~ 看一下 有没有删除  tree
    

    5,在任意文件夹下面创建 folder1~5这5个文件夹,然后每个文件夹下面继续创建 folder1~5这5个文件夹

    mkdir -p folder_{1,2,3,4,5}/folder_{1,2,3,4,5}
    

    6,

    8,下载 http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed 文件,后在里面选择含有 H3K4me3 的那一行是第几行,该文件总共有几行。

    cat text_bed.txt | grep -n "H3K4me3"
    less -NS text_bed.txt 
    

    9,下载 ttp://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip 文件,并且解压,查看里面的文件夹结构

    unzip rmDuplicate.zip | tree -d
    

    10,打开第九题解压的文件,进入rmDuplicate/samtools/single 文件夹里面,查看后缀为 .sam 的文件,搞清楚 生物信息学里面的SAM/BAM 定义是什么。

    cd ~/del/rmDuplicate/samtools/single
    ls -a
    less -NS tmp.sam
    
    • SAM 是带有比对信息的序列文件(即告诉你这个reads在染色体上的位置等),用于储存序列数据(SAM format is a generic format for storing large nucleotide sequence alignments/mappings. )。
    • BAM is the compressed binary version of the Sequence Alignment/Map (SAM) format. 生物信息中的二进制文件主要是为了节约空间,计算机机可读。可以用samtools工具实现sam和bam文件之间的转化。

    11,安装 samtools 软件

    cd ~/biosoft
    mkdir samtools &&  cd samtools
    wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.3.1/samtools-1.3.1.tar.bz2 
    # 下一步卡住了
      ` >./configure --prefix=/home/jianmingzeng/biosoft/myBin `  #自行修改了文件夹路径 还是不行;
    

    12, 没有安装成功,后边的没办法继续做下去了 😔

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