从基因组的gff3文件创建txdb数据库

#从基因组的gff3文件创建txdb数据库
#BiocManager::install("GenomicFeatures")
#BiocManager::install("AnnotationHub")
library(GenomicFeatures)
library(AnnotationHub)
setwd("E:/bioinformation/")
gff3file <- "ZmB73V5.genome.gff3" #本地需要存在这个基因组的gff3文件

#从gff3文件创制txdb数据库
txdbV5 <- makeTxDbFromGFF(file=gff3file,
                        dataSource="Zeamays (maize) B73_V5",
                        organism="Zea mays",
                        taxonomyId = 4577) #这里是物种在NCBI分类数据库的编号
#保存txdb到本地
saveDb(txdbV5,"Zeamay_B73_V5.txdb")

#从本地加载txdb
txdb <- loadDb("./Zeamay_B73_V4.txdb")#加载V4版本的txdb
txdb <- loadDb("./Zeamay_B73_V5.txdb")#加载V5版本的txdb

#查看数据库的内容
genes(txdb)$gene_id
exons(txdb)