gff to cds/pep

作者: 一直想要成为大牛的科研狗 | 来源:发表于2020-09-09 21:23 被阅读0次

已有基因组序列和gff3文件如何获得相关的cds和pep序列

# conda上安装cufflinks
# 根据gff提取cds
gffread in.gff3 -g ref.fa -x cds.fa
# 根据gff获得pep
gffread in.gff3 -g ref.fa -y pep.fa

gff to cds/pep
已有基因组序列和gff3文件如何获得相关的cds和pep序列
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如何计算kaks值和4dtv值
前期准备不同物种的蛋白和cds序列：os.pep, os.cds, sb.pep, sb.cds 依赖程序：bl...
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比较基因组从入门到放弃（1）
记录一下比较基因组一部分内容。下载相关物种的ref_fa及gff 提取其对应的cds和pep文件对两个文件进行...
几种绘制基因组共线图的方法
1.MCscanMCscan绘制共线图MCscan需要准备cds.fasta和.gff注释文件cds.fasta文...
GFF 的 CDS 注释包含 stop codon?
GFF 的 CDS 注释包含 stop codon? (qq.com)[https://mp.weixin.qq....
检测蛋白集和CDS集是否对应
pep_cds_match_check.py 我还不会在简书里贴代码呢，只能图片了用于检测蛋白集和CDS集是否对应