1. synteny 和 collinearity 用来描述基因组的共线性
synteny 共线性：同源基因在相应染色体上的保留
collinearity 同线性：在synteny的基础上，要求基因方向的保守性。
2. identity（一致度）和similarity（相似度）这两个指标来定量描述这两个序列有多相似
如何定量描述呢？简单来说，就是比较两条序列相同位置上的残基是否相同或相似，这些相同或相似的残基所占的比例。
怎么判断两个碱基或氨基酸是否相似？——
替换记分矩阵是反映残基之间相互替换率的矩阵，它描述了残基两两相似的量化关系。核酸和蛋白质的替换记分矩阵不可混用。根据表中两两比对的得分可知是否相似。
≥0 的得分代表对应的一对氨基酸为相似氨基酸，<0 的是不相似的氨基酸
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怎么判断是在相同位置？——
全局比对，计算在哪个位置插入空格会使得分最大。（长度相同的两个序列也要先进行全局比对，可以在两条序列中都插入空格，长度不同的也要先全局比对。最后保证序列长度相同即可。）
空位罚分（gap）就是当字母对空位的时候应该得几分，设置为负值，如-5。
则：
- identity ：全局比对中一致字符的个数，除以全局比对的长度
- similarity：全局比对中一致字符的个数加相似字符的个数，再除以全局比对的长度
- homology 同源性：来源于共同祖先的相似序列，只能定性描述，不能定量描述。可以说有同源性或无同源性，也可以说同源性性远，同源性近，但不存在同源性百分之多少的说法（但目前有很多人犯这个错误）。可以用系统进化树重建的方法进行分类，看是否同源。
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