FPKM--fragments per kilobase million
RPKM--reads per kilobase million
TPM--transcript per million
这几个单位都是基因计数的标准化单位
从拿到最原始的基因reads数后经过两个标准化步骤
首先是测序深度标准化
测序先是得到每个基因的reads数，这个reads数除以总的reads数就是reads per million
其次是基因长度标准化
reads per million再去除以每个基因的长度，就得到了RPKM（reads per kilobase million）
而FPKM的算法是把比对到同一基因的配对的reads算做一，即双端测序中，不同方向比对到同一基因上只算作1
TPM是先是进行基因长度标准化，每个基因的reads数除以基因的长度
然后是测序深度标准化，长度标准化的结果除以（每一个样本长度标准化结果的总和）就得到我们的TPM了
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本文标题：FPKM，RPKM，TPM区分--2020-04-20
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