Conda的安装与初步使用
- Conda是Linux环境下的软件安装与管理工具
- 相当于应用商店,日常生信使用miniconda即可
miniconda的下载与安装
- 从清华镜像下载miniconda3安装包
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 安装miniconda3
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
(会安装在用户目录下)
source ~/.bashrc
(激活conda) - 配置下载软件的镜像网站
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes
miniconda3的基础使用
- 查看软件列表
conda list
- 查找软件
conda search fastqc
- 安装软件
conda install fastqc -y #默认安装最新版fastqc conda install fastqc=0.11.7 -y #安装指定版本fastqc
- 卸载软件
conda remove fastqc -y
- conda环境(envs)
- 创建conda环境
conda create -n methylation
- 查看conda环境
conda info --envs
- 激活conda环境
conda activate methylation
- 退出当前conda环境
conda deactivate
- 创建conda环境
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