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学习小组Day3笔记--安之若素

学习小组Day3笔记--安之若素

作者: 安之若素_9e53 | 来源:发表于2020-06-10 15:42 被阅读0次

    Conda的安装与初步使用

    • Conda是Linux环境下的软件安装与管理工具
    • 相当于应用商店,日常生信使用miniconda即可

    miniconda的下载与安装

    • 从清华镜像下载miniconda3安装包
      wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    • 安装miniconda3
      bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh (会安装在用户目录下)
      source ~/.bashrc (激活conda)
    • 配置下载软件的镜像网站
      conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
      conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
      conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
      conda config --set show_channel_urls yes
      

    miniconda3的基础使用

    • 查看软件列表
      conda list
    • 查找软件
      conda search fastqc
    • 安装软件
      conda install fastqc -y #默认安装最新版fastqc
      conda install fastqc=0.11.7 -y #安装指定版本fastqc
      
    • 卸载软件
      conda remove fastqc -y
    • conda环境(envs)
      • 创建conda环境
        conda create -n methylation
      • 查看conda环境
        conda info --envs
      • 激活conda环境
        conda activate methylation
      • 退出当前conda环境
        conda deactivate

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