提取CHROM、POS、ID、REF、ALT、INFO的Func.refGene、GT信息
bcftools query -f '%CHROM\t%POS\t%ID\t%REF\t%ALT\t%INFO/Func.refGene[\t%GT]\n' Total_953.indel.vcf.gz
获取表头
bcftools view -h
提取CHROM、POS、ID、REF、ALT、INFO的Func.refGene、GT信息
bcftools query -f '%CHROM\t%POS\t%ID\t%REF\t%ALT\t%INFO/Func.refGene[\t%GT]\n' Total_953.indel.vcf.gz
获取表头
bcftools view -h
BCFtools可用于处理VCF和BCF文件；具体可参考BCFtools说明文档[http://samtools....
1、plink 报错 multiple allele时。怎么办？使用 bcftools
使用samtools 1.10 发现不能生成vcf了 samtools mpileup bcftools call...
http://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html https://...
bcftools安装 1、下载 下载地址：SAMtools/BCFtools/HTSlib - Downloads...
bowtie2 bcftools
首先看一下bcftools view用法 我们重点关注Subset 和output选项 我们仅使用-o -O -...
本次使用bcftools call SNP 按以上流程跑完后，vcf文件没有call 出任何SNP。 bcftoo...
1. VCF文件中出现了position顺序不对（未排好序） 使用bcftools sort进行排序 2. bcf...
师兄让下载bcftools，学习一下。 1.下载 电脑太不给力了，wget都没有，用brew下载一个 太慢了，在g...
本文标题：2021-11-24 bcftools使用
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/jvintrtx.html
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