批量下载GSEA基因集

在单细胞数据分析过程中，我们要分析某个亚群的特征，往往离不开找到与之相关的基因集/通路/转录因子/蛋白网络等，这时候就需要一个基因名与通路/转录因子/蛋白网络的对应关系。我们知道GSEA恰好系统地提供了一些对应关系，这就像巨人的肩膀，有了它我们可以看得更远。

所谓：

吾尝终日而思矣，不如须臾之所学也；吾尝跂而望矣，不如登高之博见也。登高而招，臂非加长也，而见者远；顺风而呼，声非加疾也，而闻者彰。假舆马者，非利足也，而致千里；假舟楫者，非能水也，而绝江河。君子生非异也，善假于物也。

下面我们就来看看GSEA基因集如何批量下载。

GSEA 数据集主页：

我要下载的基因集：

https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/collections.jsp#C7

在浏览器上点击要下载的文件后，确认下载：

在下载的地方，获取下载链接。当然这一步是关键的，懂HTML的话，可以直接在GSEA页面获取下载链接。

下载链接大概是这样的：

https://data.broadinstitute.org/gsea-msigdb/msigdb/release/7.2/c4.all.v7.2.symbols.gmt

我们观察到文件被放在https://data.broadinstitute.org/gsea-msigdb/msigdb/release/7.2/下了，于是，我们直接复制这个链接到浏览器，回车：

可以看到所有的文件都在这了，我们可以挨个下载，也可以用Python，wget，R等来下载。需要注意的是，在文件列表的结尾作者是给了压缩包的：

有了基因集我们就可以做下游的分析了如：

AUCell：在单细胞转录组中识别细胞对“基因集”的响应

把基因调节信息映射在细胞图谱上，而不仅仅是基因表达量。