Parallel genomic responses to historical climate change and high elevation in East Asian songbirds

中国科学院动物研究所雷富民团队。2021 年 12 月发表在 PNAS 上。

研究了东亚地区 19 种山雀的基因组，发现在仅分布于西方的山雀中杂合度更低，这一点与晚更新世气候变化导致群体收缩的假说是一致的。比较区域型分布物种与广布种，发现在低地与高低群体之间，基因组上与氧气运输、产热相关的区域有不成比例的遗传分化水平。然而，演化并没有表现在相同的基因上，而杂合度高的群体也没有表现出更高水平的平行演化。

有理论认为平行演化可能与 standing variation（个体杂合度）有关，在小群体中，低水平的 standing variation 可能会降低物种间平行演化的概率，因为对于同样的自然选择压力，不同物种中可能没有相同的等位基因来用于 response。

Fig 1. Sampling localities and time tree of true tits (Paridae) in East Asia.

对于高海拔群体和低海拔群体，比较等位基因频率，没有找到 fixed 的 SNP。但是将这些群体一对一地研究时，发现有一个区域在不同组合之间都有高 FST。做了 GO 富集等分析发现高分化区域可能与高海拔适应有关。而且虽然都是这些功能，但是不同群体间大部分都并不是相同的基因或者变异。证明了山雀中的平行演化。

总的来说，是在山雀中尝试验证了一种关于平行演化的假说（关于平行演化和杂合度的关系），实验数据没有支持该假说。

但是我没有看明白这是如何衡量平行演化的程度的。是说仅分布在西边的山雀杂合度高，但是没有表现出更高程度的平行演化，平行演化是用 GO term 中基因数目与显著程度来衡量的吗。

Fig 4. East Asian parids show parallel adaptive responses to high elevation at the level of biological function.