第一步：建库
1. 添加Z1v2.genome:Z1v2到snpEff.config，任意一行就行；
2. 在data里面新建genomes文件夹，放入基因组文件”Z1v2.fa“；
3. 在data里面新建Z1v2文件夹，放入基因注释文件，并改名为”genes.gff“；
完成后，运行下面脚本：
java -jar snpEff.jar build -gff3 -v Z1v2
第二步：注释
java -Xmx20g -jar /120t/caix/src/snpEff/snpEff.jar ann -c /120t/caix/src/snpEff/snpEff.conf ChiifuV31 ChiifuV3.chr.snp.filtered.vcf.gz > ChiifuV3.chr.snp.filtered.snpEff.vcf
#bgzip ChiifuV3.chr.snp.filtered.snpEff.vcf
#tabix -p vcf ZChiifuV3.chr.snp.filtered.snpEff.vcf.gz
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本文标题：snpEff注释变异
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