snpEff注释变异

第一步：建库

1. 添加Z1v2.genome:Z1v2到snpEff.config，任意一行就行；
2. 在data里面新建genomes文件夹，放入基因组文件”Z1v2.fa“；
3. 在data里面新建Z1v2文件夹，放入基因注释文件，并改名为”genes.gff“；
完成后，运行下面脚本：
java   -jar  snpEff.jar       build  -gff3 -v   Z1v2

第二步：注释

java -Xmx20g  -jar  /120t/caix/src/snpEff/snpEff.jar  ann   -c /120t/caix/src/snpEff/snpEff.conf   ChiifuV31 ChiifuV3.chr.snp.filtered.vcf.gz  > ChiifuV3.chr.snp.filtered.snpEff.vcf

#bgzip ChiifuV3.chr.snp.filtered.snpEff.vcf
#tabix -p vcf  ZChiifuV3.chr.snp.filtered.snpEff.vcf.gz