我是在找snakemake参考资料的时候找到的这本在线电子书,链接是
https://eriqande.github.io/eca-bioinf-handbook/
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查了下作者的信息,这个是作者的主页
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全书总共29个章节,但是其中某些章节还没有写完
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前面14个章节介绍了
- linux操作系统的一些知识
- shell编程
- sed awk 命令
- 正则表达式
- 计算集群
- Rstudio
- markdown
- snakemake
后面的章节主要介绍了一些生物信息学的内容
- 文件格式
- 基因组组装(我看了这一章没有写完)
- 变异检测
- 操作vcf文件
- 扩增子测序
- 27章是从原始测序数据到最终变异结果的一个完整流程,提供数据代码,不过代码的写法涉及到计算集群的使用,好像还涉及到snakemake
- 最后介绍到了群体基因组学
我是重点看了snakemake 那一章节,写的还挺详细的。
如果你正在学习生物信息学,可以找这本书来参考参考
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