Oncomine

作者: 猪莎爱学习 | 来源:发表于2020-05-14 23:47 被阅读0次

    莎莎写于2020.5.14✍作为单元课第一个要学的数据库:Oncomine 我竟然不知道它,而且拖到现在都没有去学,果然出来混都是要还的嘤嘤嘤😄实验部分刚开始进行,生信这边也不能丢到一边不管,毕竟是和老师说过我的宏图壮志的,怎么能就这么说过了就不管了呢。所以还是要抓住时间赶紧先学起来💪

    Oncomine网址:https://www.oncomine.or

    1.注册与登录

    第一次打开,是这样的
    主页面介绍
    注册
    我打开了注册界面
    注册成功
    image.png

    但是我用我的学校邮箱没有注册成功,不知道什么原因~

    后续:昨晚一直在和Oncomine的Support发邮件问我为什么没有收到邮件,弄了好久,发邮件发了5个来回,今天终于收到邮件了,太开心了!


    终于收到邮件了!

    那么下面就可以进行正式的操作啦~

    登陆进去
    自动跳转了提示你改密码的界面
    改密码成功

    然后就是Oncomine会给你发一个密码修改成功的邮件,然后就可以正常使用了,下次登陆的时候就可以用新修改的密码登录就好啦~🤭


    确认修改密码的邮件
    开心~
    已登录
    可以正常使用啦~

    3.核心功能:基因表达差异分析

    应用1
    检索基因表达谱差异(乳腺癌为例)
    image.png
    image.png
    可以多勾选几个研究结果进行比较
    image.png
    应用2
    可以直接点击左边的Breast Cancer
    image.png
    image.png
    image.png

    2.核心功能:基因表达与临床相关性

    以CPSF7为例:
    image.png
    image.png
    在Excel中,表头输入:表达值 组织类型 样本编号 生存状态
    image.png
    image.png
    然后在表一 用VLOOKUP函数查找

    有了基因表达,生存状态以及随访时间,就可以进行生存分析了,常用的生存分析有生存曲线和COX回归;还可以把年龄,复发状态,病理分期等数据摘录下来,做单因素和多因素的分析。Oncomine也可以在线分析:

    image.png

    还有很多功能可以在GROUP BY中选择

    4.基因共表达分析

    image.png

    5.利用生存分析的数据绘制生存曲线

    输入数据: image.png

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