iGEMDOCK是一个台湾产的分子对接软件,其优势是简单易用,对接准确度较高,可以用于初筛和精度对接,也可用于金属对接(注:未试)。最后更新为2008年,但对接软件近几年发展缓慢,基本没有什么新的算法产生。
其完整手册可从此下载:点我下载
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1.安装
windows
直接打开即可
linux
赋权
chmod 755 iGemdock/bin/*
执行脚本
cd iGemdock/bin/
.iGemdock.sh
2.界面简单介绍
其界面主要有四个模块,如图
iGEMdock界面A为主界面,B为对接设置界面,C为界面简单分析界面,D为查看界面(PS:其自带的分析查看界面太丑了,建议用别的软件查看)
其主要对接流程图如下:
流程3.受体准备
iGEMdock定义结合腔不怎么好定义,虽然提供了一个swiss-viewer方法但是个人觉得不好用。若你是AutoDock ** 转来的朋友,可以将之前的结果用之前文章使用的蛋白配体切割器进行切割优化。
如果是复合物晶体结构也可以直接使用。如果无法使用,可打开pdb文件,查找是否有HET
标签,若没有加上HET
+配体名字+链+编号(具体可查看蛋白配体切割器那一章)iGEMDOCK会读取ATOM
标签和HETATM
标签,所以重要的在活性腔中的水原子可以保留,使得对接结果可能更精确(注:个人觉得也不一定,水是动态的说,可能适得其反),如下是一个复杂受体例子:
为了区分一般原子和配体原子,需要在81位标记P作为一般特异性原子的标识。
后打开Prepare Binding Site
按钮
3. 配体准备
支持PDB,MOL和MOL2三种格式。
点击Prepare Compounds
即可使用
4.运行iGEMDOCK
主要设置对接的精确度和速度,如果做筛选就选快速对接,如果单个配体可以采用精确对接。
5.png如上图最终会生成1个结构文件,而这个结构是70次GA计算后的结果。(?类似最陡梯度法?)
对接完后结构文件都会在
docked_pose
文件夹,最好的在best_pose
文件夹,fitness.txt为预测pose的能量清单
6.png
5.注意事项
若需要进行用这个软件对接推荐还是完整的看一下文档内容。这里做一些注意事项
iGEMdock自己不能进行自动的扭转键设置,设置主要来自于SINGLE
标签标记,如下:
对接后的结果标记
氢键 (H), 电荷能 (E) 和范德瓦尔力 (V),其余的可以查看原始参考文献
Proteins, vol. 55, pp. 288-304, 2004
其有一张图详细介绍了联系类型,我觉得解释的很棒很直观:
分析结果界面如下:
结果界面还有成簇分析等等功能,具体可以查看文档文件26页。
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