导读

ggtree由R语言大神Y叔纸笔，于2018年发表在Molecular Biology and Evolution杂志上，现引用已达407（2019.10.10 google scholar）。ggtree是ggplot2的拓展包，它不仅能画进化树，而且还能对进化树进行丰富多彩的美化和添加多组数据或元素。使用ggtree给可以轻松给10分以上的文章画进化树。

一、安装

R地址：Bioconductor - ggtree
github地址：https://github.com/YuLab-SMU/ggtree

R  
# 在linux中进入R

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ggtree")
# 安装ggtree

二、画图

绘图代码参考原文：PhyloPhlAn
数据来源和绘图方法见：Phylophlan（二）种间进化分析

dir() # 查看工作目录
[1] "example_corynebacteria.tree.nwk"       
[2] "example_corynebacteria.tree.reroot.xml"

library(ggplot2) # 加载ggplot2
library(ggtree) # 加载ggtree
tree=read.tree("example_corynebacteria.tree.nwk") # 读取nwk文件
data=fortify(tree)

tregraph=ggtree(tree, layout="rectangular", size=0.8, col="deepskyblue3") +
  # 树体：树文件、树形、粗细、颜色
  geom_tiplab(size=3, color="purple4", hjust=-0.05) +
  # 枝名：大小、颜色、高度
  geom_tippoint(size=1.5, color="deepskyblue3") +
  # 端点：大小、颜色
  geom_nodepoint(color="orange", alpha=1/4, size=2) +
  # 末节点：颜色、透明度、大小
  theme_tree2() +
  # x轴标尺
  xlim(NA, max(data$x)*1.3)
  # x轴宽度
  
pdf("tregraph.pdf")
tregraph
dev.off()

打开tregraph.pdf查看结果，如下：

图片.png

三、圈图

#!/usr/bin/env Rscript

library(ggplot2) # 加载ggplot2
library(ggtree) # 加载ggtree

tree=read.tree(list.files()[grepl("denovo.tree.nwk", list.files())]) # 读取nwk文件
map=read.table("map.txt", header=T, sep="\t", comment.char="")
data=fortify(tree)

tregraph=ggtree(tree, layout="circular", ladderize=FALSE, size=0.8, branch.length="none", aes(col=Phylum)) %<+% map +
# 树体：树文件、树形、粗细、颜色
geom_tiplab2(hjust=-0.3) +
# 枝名：大小、颜色、高度
geom_tippoint(size=3)+
# 端点颜色、大小
theme(legend.title=element_text(face="bold"), legend.position="bottom", legend.box="horizontal", legend.text=element_text(size=rel(0.8)))
# 图例位置、文字大小

ggsave(tregraph, file="tree_bins.pdf", width=9, height=9)

gra=ggtree(data, color="black", layout="fan", branch.length="none", size=1, open.angle=10) %<+% map +
#gra=ggtree(data, color="black", layout="fan", size=1, open.angle=10) %<+% map +
geom_tippoint(aes(col=Phylum), size=5) +
theme(legend.title=element_text(face="bold", size=15), legend.position="right", legend.text=element_text(size=13)) +
theme(text=element_text(family="serif")) +
scale_color_manual(
    values = c("Actinobacteriota" = "#33a02c",
    "Bacteroidota" = "#EE1289",
    "Desulfobacterota" = "#b2df8a",
    "Firmicutes" = "#009ACD",
    "Fusobacteriota" = "#EEAD0E",
    "Proteobacteria" = "#EE6363",
    "Synergistota" = "#EEB4B4",
    "Verrucomicrobiota" = "#9F79EE"))

ggsave(gra, file="tree2.pdf", height=30, width=30)

推荐阅读：
[1] ggtree美化进化树
[2] Y叔: facet_plot: 关联数据和进化树的通用方法
[3] Y叔: 进化树图形注释