原始数据查看：

查看行数

grep '^@' ctr.R1.fq | sort |uniq|wc -l

27787625 也就是乘以四后的行数，即fq的name不会重

比对：

index=/media/pc/disk1/sun/refdata/ensembl_GRCm38/03_bowtie2_index/GRCm38

bowtie2 -p 20 -x $index -1 ctr.R1.fq -2 ctr.R2.fq -S ctr.sam &&

bowtie2 -p 20 -x $index -1 ko.R1.fq -2 ko.R2.fq -S ko.sam

比对结果：

查看sam行数：

igv:

samtools sort --threads 10 -m 2G -o ctr.bam ctr.sam &&

samtools sort --threads 10 -m 2G -o  ko.bam  ko.sam

samtools index ctr.bam &&

samtools index ko.bam

提取mapped：

samtools view -h -@ 10 -F 4 ctr.sam > ctr.mapped.sam &&

samtools view -h -@ 10 -F 4 ko.sam > ko.mapped.sam

wc -l 查看mapped的sam行数：

对mapped的进行igv:

samtools sort --threads 10 -m 3G -o ctr.mapped.bam ctr.mapped.sam &&

samtools sort --threads 10 -m 3G -o  ko.mapped.bam  ko.mapped.sam &&

samtools index ctr.mappedbam &&

samtools index ko.mapped.bam

#################################

trim:

trimmomatic PE -phred33 -threads 20 ctr.R1.fq ctr.R2.fq ctr.R1.paired.fq ctr.R1.unpaired.fq ctr.R2.paired.fq ctr.R2.unpaired.fq ILLUMINACLIP:/home/pc/miniconda3/pkgs/trimmomatic-0.38-1/share/trimmomatic-0.38-1/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10:8:true LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 AVGQUAL:20 MINLEN:36

trimmomatic PE -phred33 -threads 20 ko.R1.fq ko.R2.fq ko.R1.paired.fq ko.R1.unpaired.fq ko.R2.paired.fq ko.R2.unpaired.fq ILLUMINACLIP:/home/pc/miniconda3/pkgs/trimmomatic-0.38-1/share/trimmomatic-0.38-1/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10:8:true LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 AVGQUAL:20 MINLEN:36 

比对：

bowtie2 -p 20 -x $index -1 ctr.R1.paired.fq -2 ctr.R2.paired.fq -S ctr.paired.sam &&

bowtie2 -p 20 -x $index -1 ko.R1.paired.fq -2 ko.R2.paired.fq -S ko.paired.sam

经过trim后比对情况并未改善：

---

1.fatsquniq：

网站：https://sourceforge.net/projects/fastuniq/

用法：

list文件

去重命令：

fastuniq -i list -o fastuniq.ctr.R1.fq -p fastuniq.ctr.R2.fq

fastuniq -i list2 -o fastuniq.ko.R1.fq -p fastuniq.ko.R2.fq

去重后的行数

grep '^@' fastuniq.ctr.R1.fq | sort | uniq | wc -l

22295210 乘以四后也是行数；

去重率：

ctrl:80.23%

ko:86.58%

比对：

bowtie2 -p 20 -x $index -1 fastuniq.ctr.R1.fq -2 fastuniq.ctr.R2.fq -S fastuniq.ctr.sam &&

bowtie2 -p 20 -x $index -1 fastuniq.ko.R1.fq -2 fastuniq.ko.R2.fq -S fastuniq.ko.sam

比对结果：

查看sam：

44590443 fastuniq.ctr.sam

44155981 fastuniq.ko.sam

igv:

samtools sort --threads 10 -m 2G -o fastuniq.ctr.bam fastuniq.ctr.sam && 

samtools sort --threads 10 -m 2G -o fastuniq.ko.bam fastuniq.ko.sam &&

samtools index fastuniq.ctr.bam &&

samtools index  fastuniq.ko.bam

提取mapped：

samtools view -h -@ 10 -F 4 fastuniq.ctr.sam > fastuniq.ctr.mapped.sam &&

samtools view -h -@ 10 -F 4 fastuniq.ko.sam > fastuniq.ko.mapped.sam

查看mapped行数：

提取mapped后不能用igv。原因是缺少header：

解决：提取mapped时加-h参数：ref：[E::sam_parse1] missing SAM header

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2.seqkit：

网站：https://bioinf.shenwei.me/seqkit/

用法：

命令：

seqkit rmdup -s ctr.R1.fq -o seqkit.ctr.R1.fq.gz -d seqkit.ctr.R1.duplicated.fq.gz -D seqkit.ctr.R1.duplicated.txt -j 5

seqkit rmdup -s ctr.R2.fq -o seqkit.ctr.R2.fq.gz -d seqkit.ctr.R2.duplicated.fq.gz -D seqkit.ctr.R2.duplicated.txt -j 5

seqkit rmdup -s ko.R1.fq -o seqkit.ko.R1.fq.gz -d seqkit.ko.R1.duplicated.fq.gz -D seqkit.ko.R1.duplicated.txt -j 5

seqkit rmdup -s ko.R2.fq -o seqkit.ko.R2.fq.gz -d seqkit.ko.R2.duplicated.fq.gz -D seqkit.ko.R2.duplicated.txt -j 5

查看行数：

zcat seqkit.ctr.R1.fq.gz | wc -l -> 57594872 51.82% [去重]

zcat seqkit.ctr.R2.fq.gz | wc -l -> 63321348 56.97%  [去重]

zcat seqkit.ko.R1.fq.gz | wc -l -> 60717652 54.63%  [去重]

zcat seqkit.ko.R2.fq.gz | wc -l -> 67585076 66.26%  [去重]

比对：

bowtie2 -p 20 -x $index -1 seqkit.ctr.R1.fq.gz -2 seqkit.ctr.R2.fq.gz -S seqkit.ctr.sam &&

bowtie2 -p 20 -x $index -1 seqkit.ko.R1.fq -2 seqkit.ko.R2.fq -S seqkit.ko.sam

报错了：双端不对齐

结论：

seqkit去重率约50-70%，但是使用后双端不齐，无法比对。但是可以保留去重掉的fastq。

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3.super_deduper:

官网：https://github.com/dstreett/Super-Deduper

新地址：https://github.com/ibest/HTStream

用法：

命令：

super_deduper -1 ctr.R1.fq -2 ctr.R1.fq -g -p super_deduper.ctrl

super_deduper -1 ko.R1.fq -2 ko.R1.fq -g -p super_deduper.ko

查看行数：

zcat super_deduper.ctrl_R1.fastq.gz |wc -l -> 3915060 3.52% [去重]

zcat super_deduper.ctrl_R2.fastq.gz |wc -l -> 3915060 3.52% [去重]

zcat super_deduper.ko_R1.fastq.gz |wc -l -> 3971360 3.89% [去重]

zcat super_deduper.ko_R2.fastq.gz |wc -l -> 3971360 3.89% [去重]

修改参数：

super_deduper -1 ctr.R1.fq -2 ctr.R1.fq -g -p super_deduper.ctrl -q 30

super_deduper -1 ko.R1.fq -2 ko.R1.fq -g -p super_deduper.ko -q 20

查看again：

zcat super_deduper.ctrl_R1.fastq.gz | wc -l -> 3915060 3.52% [去重]

zcat super_deduper.ctrl_R2.fastq.gz | wc -l -> 3915060 

zcat super_deduper.ko_R1.fastq.gz | wc -l -> 3971360 3.89% [去重]

zcat super_deduper.ko_R2.fastq.gz | wc -l -> 3971360  改了参数后竟然没变

比对：

bowtie2 -p 20 -x $index -1 super_deduper.ctrl_R1.fastq.gz -2 super_deduper.ctrl_R2.fastq.gz -S super_deduper.ctrl.sam &&

bowtie2 -p 20 -x $index -1 super_deduper.ko_R1.fastq.gz -2 super_deduper.ko_R2.fastq.gz -S super_deduper.ko.sam

比对结果：

查看sam行数：

igv:

samtools sort --threads 10 -m 2G -o super_deduper.ctrl.bam super_deduper.ctrl.sam && samtools sort --threads 10 -m 2G -o super_deduper.ko.bam super_deduper.ko.sam

samtools index super_deduper.ctrl.bam &&

samtools index  super_deduper.ko.bam

提取mapped：

samtools view -h -@ 10 -F 4 super_deduper.ctrl.sam > super_deduper.ctrl.mapped.sam &&

samtools view -h -@ 10 -F 4 super_deduper.ko.sam > super_deduper.ko.mapped.sam

查看mapped的行数

结论：

super_deduper率约3-4%，去重去的太多。原理是什么呢？

---

4.fastp:

官网：https://github.com/OpenGene/fastp

用法：

命令：

fastp -i ctr.R1.fq -I ctr.R2.fq -o fastp.ctr.R1.fq -O fastp.ctr.R2.fq

fastp -i ko.R1.fq -I ko.R2.fq -o fastp.ko.R1.fq -O fastp.ko.R2.fq

查看：

ctrl ko

查看：

fastp.ctr.R1.fq -> 27082408*4 97.46% [去重]

fastp.ctr.R2.fq -> 27082408*4 97.46% [去重]

fastp.ko.R1.fq -> 24873179*4 97.54% [去重]

fastp.ko.R2.fq -> 24873179*4 97.54% [去重]

比对：

bowtie2 -p 20 -x $index -1 fastp.ctr.R1.fq -2 fastp.ctr.R2.fq -S fastp.ctr.sam &&

bowtie2 -p 20 -x $index -1 fastp.ko.R1.fq -2 fastp.ko.R2.fq -S fastp.ko.sam

比对情况：

提取mapped：

samtools view -h -@ 10 -F 4 fastp.ctr.sam > fastp.ctr.mapped.sam &&

samtools view -h -@ 10 -F 4 fastp.ko.sam > fastp.ko.mapped.sam

查看行：

35,942,791 fastp.ctr.mapped.sam

32,536,623 fastp.ko.mapped.sam

igv:

samtools sort --threads 10 -m 2G -o fastp.ctr.mapped.bam fastp.ctr.mapped.sam&& samtools sort --threads 10 -m 2G -o fastp.ko.mapped.bamfastp.ko.mapped.sam &&

samtools index fastp.ctr.mapped.bam  &&

samtools index fastp.ko.mapped.bam

---

5.samtools：

官网：http://www.htslib.org/

samtools sort --threads 10 -n  ctr.bam -o ctr.sort.bam &&

samtools fixmate --threads 10 -m ctr.sort.bam ctr.fixmate.bam &&

samtools sort --threads 10 ctr.fixmate.bam -o ctr.positionsort.bam &&

samtools markdup --threads 10 -r ctr.positionsort.bam ctr.markdup.bam

samtools sort --threads 10 -n  ko.bam -o ko.sort.bam &&

samtools fixmate --threads 10 -m ko.sort.bam ko.fixmate.bam &&

samtools sort --threads 10 ko.fixmate.bam -o ko.positionsort.bam &&

samtools markdup --threads 10 -r ko.positionsort.bam ko.markdup.bam 

查看行：

samtools view  ctr.markdup.bam | wc -l 39,334,011

samtools view ko.markdup.bam | wc -l 39,170,695

提取mapped：

samtools view -h -@ 10 -F 4  ctr.markdup.bam > ctr.markdup.mapped.sam &&

samtools view -h -@ 10 -F 4  ko.markdup.bam > ko.markdup.mapped.sam

查看mapped的行数：

wc -l ctr.markdup.mapped.sam  -> 20,069,023

wc -l ko.markdup.mapped.sam -> 21,054,225

igv:

samtools sort --threads 10 -m 2G -o ctr.markdup.mapped.bam ctr.markdup.mapped.sam && samtools sort --threads 10 -m 2G -o ko.markdup.mapped.bam ko.markdup.mapped.sam &&

samtools index ctr.markdup.mapped.bam &&

samtools index  ko.markdup.mapped.bam

6.picard:

官网：https://broadinstitute.github.io/picard/

用法：

直接删除冗余：

java -jar /home/pc/biosoft/picard.jar MarkDuplicates REMOVE_DUPLICATES=true I=ctr.sort.bam O=picard.ctr.sorted.markdup.bam M=picard.ctr.markdup.txt

****************************************************

java -jar /home/pc/biosoft/picard.jar MarkDuplicates REMOVE_DUPLICATES=true I=ko.sort.bam O=picard.ko.sorted.markdup.bam M=picard.ko.markdup.txt

查看行：

samtools view picard.ctr.sorted.markdup.bam | wc -l -> 39,302,611

samtools view picard.ko.sorted.markdup.bam | wc -l -> 39,151,069

igv:

samtools index picard.ctr.sorted.markdup.bam

samtools index picard.ko.sorted.markdup.bam

提取mapped：

samtools view -h -@ 10 -F 4  picard.ctr.sorted.markdup.bam > picard.ctr.sorted.markdup.mapped.sam && 

samtools view -h -@ 10 -F 4  picard.ko.sorted.markdup.bam > picard.ko.sorted.markdup.mapped.sam

查看行数：

20,037,624 picard.ctr.sorted.markdup.mapped.sam

21,034,600 picard.ko.sorted.markdup.mapped.sam

igv:

samtools sort --threads 10 -m 2G -o picard.ctr.sorted.markdup.mapped.bam picard.ctr.sorted.markdup.mapped.sam &&

samtools sort --threads 10 -m 2G -o picard.ko.sorted.markdup.mapped.bam picard.ko.sorted.markdup.mapped.sam &&

samtools index picard.ctr.sorted.markdup.mapped.bam &&

samtools index picard.ko.sorted.markdup.mapped.bam

# 比对效率低？

用hisat2比对看竟然比对效率提高这么多