美文网首页
7.4分非肿瘤纯生信,分析不难工作量也不大,抓住疾病特征做一些有

7.4分非肿瘤纯生信,分析不难工作量也不大,抓住疾病特征做一些有

作者: 生信小课堂 | 来源:发表于2024-06-26 22:07 被阅读0次

影响因子:7.4

研究概述:急性胰腺炎(AP)是临床上常见的急腹症,其发病机制至今仍不清楚。重症患者通常伴有多种并发症,且缺乏特效药物,死亡率高,预后差。本研究利用单细胞测序数据集来识别AP小鼠胰腺中的细胞类型,并描绘出尖状细胞的转录组图谱。通过基因组富集分析(GSEA)和单细胞基因组变异分析(GSVA)评估了通路的活性。拟时序分析用于描述尖腺细胞的发育轨迹。作者还构建了PPI网络,确定了枢纽基因。作者还分析了AP小鼠胰腺样本的另一个独立单细胞测序数据集和AP患者外周血样本的大量RNA测序数据集,在单细胞水平破译了AP早期阶段腺泡细胞的独特发育路线图。
研究结果:

胰腺组织单细胞转录谱分析概述

经过初步质控后,作者获得了GSE181276的15819个细胞的单细胞转录数据,其中包括野生型(WT,未处理/对照)组小鼠胰腺组织的5732个细胞和CER诱导AP组小鼠胰腺组织的10087个细胞。根据基因图谱和典型标记,作者将这些细胞分为12个细胞群,如腺泡细胞、导管细胞、星状细胞、内皮细胞和内分泌细胞;这些细胞群用UMAP图显示(图1A)。点阵图显示了每个细胞簇的标记基因(图1B)。如图1C所示,AP样本中腺泡细胞的比例低于WT样本,这可能与程序性细胞死亡有关。GSEA结果显示,“泛素蛋白转移酶活性调控”、“伴侣介导的蛋白质折叠”、“mTOR信号通路”和“糖酵解葡萄糖生成”等通路被显著激活(图1D)。研究表明,mTOR信号转导与AP中腺泡细胞向树突状细胞的转变以及CD4+T细胞免疫反应有关。



scRNA-seq分析揭示了腺泡细胞转录程序的改变

人们已认识到,AP的发病部位在腺泡细胞。因此,这些细胞被进一步提取并分为四个亚群(图2A)。WT样本中的大多数细胞高表达Pida2,而AP样本中的大多数细胞属于以下其他三个亚群:高Prss1、高Map1lc3a和低Sox4,以及高Map1lc3a和高Sox4(图2A)。散点图显示了AP样本和WT样本中DEGs的相对转录水平,并标出了前10个上调和下调基因(图2B)。GSEA显示,这些DEGs主要富集在涉及溶酶体、自噬、ROS、内吞和细胞凋亡的通路中(图2C)。


根据单细胞GSVA评分,在高Map1lc3a和低Sox4群组以及高Map1lc3a和高Sox4群组中,包括细胞凋亡、对ROS的反应、NOD样受体、抗原加工和表达以及糖酵解葡萄糖生成等通路的活性显著增加(图2D)。作者使用monocle3进行了拟时序轨迹分析,以WT瘦腺细胞预设为起点。高Map1lc3a和高Sox4群分布在分化轨迹的晚期(图2E)。热图显示了编码转录因子的DEGs的伪时间变化(图2F)。作者进一步确定了这些转录因子的结合基序,并构建了一个表达调控网络(图2G)。在这一部分中,作者确定了AP中渐冻疮细胞的亚群和激活途径。作者还预测了关键转录因子和调控网络。


AP中的腺泡至导管增生(ADM)

胰腺细胞在一定程度上具有可塑性,在炎症或损伤后可迅速发生转分化过程。如图所示,在AP样本中,除胰蛋白酶原Prss1和Prss3外,大多数编码胰腺消化酶和酶原颗粒膜成分的基因表达下调(图3A)。与此同时,Muc1、Cldn3、Cldn7、Epcam、Krt8、Krt18和Krt19等导管标志物的转录则显著增加(图3B)。分析发现丝氨酸蛋白酶抑制剂的变化似乎取决于它们的亚细胞位置。分泌到腺泡细胞外的成员(Serpini2)的表达下调,位于细胞质或内质网腔的其他成员,如Serpinb1a、Serpinb6a、Serpinb6b和Serpinh1的表达则上调(图3A)。这可能表明,由于细胞内胰蛋白酶原的激活,胰腺因自我消化而受到损伤。此外,参与细胞增殖和分化的再生家族成员也有所增加(图3C)。腺泡标志物的消失和导管标志物的增加揭示了AP中腺泡细胞的ADM过程。


AP中的内吞和内体再循环活性升高

胰腺外分泌的关键功能是通过外吞作用分泌消化酶。与此同时,胰腺细胞也进行内吞和内体循环。作者发现,在AP中,内吞和囊泡运输标记物(Rab2a、Rab7、Rab11a、Rab25、Clta、Ap1s1、Atp6v1g1、Atp6v0e)的表达增加,多囊泡体成分(Cd63、Chmp2a、Chmp4b、Mvb12a)和内体再循环中转站的表达也增加了(图4A)。还观察到内吞作用所必需的细胞骨架相关基因(Actg1、Actb、Cdc42、Cfl1)的转录增加(图4B)。此外,“内吞”和“跨上皮转运”途径的活性也显著升高,尤其是在高Map1lc3a和低Sox4以及高Map1lc3a和高Sox4簇中(图4C、D)。


AP腺细胞中的内质网应激(ERS)明显增加

内质网(ER)是蛋白质和脂质加工的细胞内工厂。在AP中,多个参与二硫键形成的基因(Pdia2、P4hb、Erp27、Ero1lb)表达明显下调,而这些基因有助于蛋白质形成正确的空间构象(图5A)。这种下调可能导致错误折叠/未折叠蛋白质和ERS的积累(图5G)。相关基因(Bcap31、Derl1、Ufd1、Stub1)转录的增加反映了腺泡细胞中的ERS(图5B)。作者还发现,ERS的关键标记物,包括Xbp1、Serp1、Eif2s1、Ddit3、Atf4(图5C)和各种分子伴侣(图5D)的表达显著上调。此外,AP组错误折叠/未折叠蛋白结合途径的GSVA评分更高(图5E,F)。这些结果表明,在AP期间,胰腺细胞中的ERS增加。


AP组腺泡细胞中的泛素-蛋白酶体途径被激活

泛素-蛋白酶体系统可以降解ER中折叠/未折叠的错误蛋白质;该系统也被称为内质网相关降解I途径(ERAD-I)。单细胞数据显示,在AP样本的腺泡细胞中,泛素(Ubb、Ubc)和相关酶(Ube2d3、Ube2l3、Stub1、Uchl3)的转录水平升高(图6A)。同时,蛋白酶体亚基和促进蛋白酶体组装和成熟的Pomp的表达上调(图6B)。泛素-蛋白酶体系统还负责内源性抗原的加工,加工后的抗原肽需要在蛋白TAP(与抗原加工相关的转运体)的帮助下穿过ER膜,然后与MHCI类分子结合。TAP结合蛋白(由Tapbp编码)介导新组装的MHCI类分子与TAP之间的相互作用。作者还发现MHCI类分子和Tapbp的转录明显增加(图6C)。此外,单细胞GSVA的结果(图6D-F)也表明泛素蛋白酶体途径被激活。


AP组腺泡细胞中的自噬-溶酶体途径相关蛋白的转录增加

自噬-溶酶体系统是EARD-II的另一个途径,用于降解ER中折叠/未折叠的错误蛋白质。自噬相关基因(Sqstm1、Map1lc3a、Map1lc3b、Gabarap、Gabarapl2、Tex264、Stbd1)的转录在AP组中有所增加(图7A)。值得注意的是,Tex264被鉴定为ER-吞噬的主要受体,可将ER的亚域重塑为自噬体,这被认为对缓解ERS很重要。Tex264在AP中的作用尚未见报道。同时,溶酶体膜成分(图7B)和溶酶体酶(图7C)的表达上调。此外,根据GSVA还检测到自噬和溶酶体相关通路的活性增加(图7D-G)。自噬-溶酶体通路可能在AP的发病机制中扮演重要角色。


胰腺scRNA-seq数据集和bulk RNA-seq数据集的整合分析

作者分析了另一个来自GSE188819的小鼠胰腺样本scRNA-seq数据集和一个来自GSE194331的人类外周血样本批量RNA-seq数据集。来自GSE181276和GSE188819的胰腺细胞的常见DEGs(图8A)主要富集在自噬、溶酶体、蛋白酶体、ERS和内吞等通路中(图8B)。此外,Cytoscape还生成了PPI网络,最大剪辑中心性(MCC)指数最高的18个基因被确定为中心基因,并用红点标出(图8C)。有趣的是,这些中心基因都编码蛋白酶体的成分。作者还分析了GSE194331中32名健康志愿者和10名SAP患者的外周血样本。GSE181276和GSE194331的共同DEGs(图8D)同样富集在涉及内吞、蛋白酶体、溶酶体、自噬和细胞凋亡的通路中(图8E、F)。这些结果与基于GSE181276数据集的发现一致,突出了ERS、泛素-蛋白酶体途径和自噬-溶酶体途径在AP中的重要性。


研究总结:

作者确定了AP小鼠胰腺中的细胞类型,并通过单细胞转录组分析方法分析了腺泡细胞的转录变化。作者证明了AP早期胰腺细胞的特征,包括ADM、内吞和跨上皮转运增加、ERS、泛素-蛋白酶体和自噬-溶酶体途径的激活,其中ERS可能起着核心作用(图9)。这将为开发临床干预和治疗方法提供新的思路和策略。


相关文章

网友评论

      本文标题:7.4分非肿瘤纯生信,分析不难工作量也不大,抓住疾病特征做一些有

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/kgbscjtx.html