任何事情都是有两面的，正如硬币的正反面，同样软件定制也是一把锋利的双刃剑，无论对用户和厂商来说都是各有利弊。
软件定制开发，不能用简单的“好”与“不好”来衡量。从用户（也就是软件定制的接受方）的角度来分析，软件（或软件模快）定制的根本原因在于：每个公司的操作流程不统一，很难找到一种适合各个企业的软件。
定制似乎已成定局，用户都接受了这种现在非常流行的定制化开发方法。两种定制目前比较流行的软件定制（尤其是ERP软件定制），可以分为“原型改造”和“积木式零件选择”两种。
原型改造，是根据用户的需求（尤其是特殊用户的特殊需求）来改变自身软件产品的原型；优势是能够非常严密地实现用户的需求，就好像把水倒进形状不规则的容器。
积木式零件选择，指的是首先搭建平台，平台上制造各种各样的模块，然后根据用户想要搭建的最终效果的不同而选择不同的“积木”，类似乐高积木板块，用不同组件搭建想要的模型，例如星城软件的顿表，优势则是简单易行，灵活快速，双方都能够节省时间和精力。
不过无论采用哪种定制，都是利弊兼有。
“原型改造”式的定制会造成破坏系统原有结构的后果，存在的主要问题是设计和实施的周期比较长，往往需要开发人员和实施人员长期合作，花费大量的人力和物力才能完成。因为改变了原有软件产品的完整结构（这种改变往往是由用户的需要临时增删的），新的内容加上去之后难以避免兼容性的破坏。
正是因为原型改造的难度较大，积木式零件选择成为定制开发的趋势。无论是对厂商还是对用户，这种方式省钱省力更省心。但国内许多企业由于管理方式的长期不规范，形成了许多不规范的生产流程，加上个别较小的软件开发商并不熟悉企业生产模式，并不能完全按照企业要求的特殊方式处理某些特殊的环节，所以企业选择ERP软件定制厂商时要擦亮眼睛，将自己的业务流程特殊之处标入，确保能够得到实施。一家有实力的软件开发商，是经过长期的经验积累，拥有专业的开发团队的，深入了解个行业的管理模式，并且随时欢迎企业实地考察。
无论厂商和用户选择哪种软件定制方式，必须注意在定制开发的过程中，保证每个部分都能够提供良好的接口，以便维持与现有的软件模块和即将开发的软件模块实现完美的结合，同时，还要在可稳定性、扩展性、重用性、移植性等方面有非常好的性能。
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