由同一组数据及可能产生一组树，在拓扑结构和分支长度上可能不同，暗示物种形成（或）和基因重复事件的不一致。Bootstrap分析就是利用同一数据集的不同抽样来重复构树，以估计这种支持。
| 方法名 | 序列比对到距离转化 | 得到树类型 | 备注 |
|---|---|---|---|
| UPGMA | 是 | 等距树 | 产生一个单独的定义了分支长度的树 |
| NJ | 是 | 无根的，加性树 | 产生一个单独的定义了分支长度的树 |
| ML | 否 | 无根的，加性树 | 假定一个给定的进化模型，估计树拓扑结构产生观察数据的似然值，并将产生最大似然值的拓扑结构作为对进化历史的最适当假设 |
| Bayesian | 否 | 无根的，加性树 | 是ML这种统计方法的进一步延伸 |
核苷酸水平的进化
蛋白质水平进化（同义/非同义）
同义突变：不改变编码氨基酸的核苷酸变异，大多数发生在密码子第三位置上的突变是同义的。这些突变一般被认为是中性的，没有影响。
基因组进化（大规模复制，水平基因转移）
bootstrap分析 由同一组数据及可能产生一组树，在拓扑结构和分支长度上可能不同，暗示物种形成（或）和基因重复...
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本文标题：学习小组Day13-进化树
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