BIOM 微生物数据格式

BIOM格式是微生物组领域最常用的结果保存格式，优点是可将OTU或Feature表、样本属性、物种信息等多个表保存于同一个文件中，且格式统一，体积更小巧，目前被微生物组领域几乎所有主流软件所支持

• BIOM目前分为1.0 JSON和2.0 HDF5两个版本；
• 1.0 JSON是编程语言广泛支持的格式，类似于散列的键值对结果。会根据数据松散程度，选择不同的存储结构来节省空间。
• 2.0 HDF5是二进制格式，被许多程序语言支持，读取更高效和节约空间。

image.png

• mac 运行会报错，https://github.com/biocore/biom-format/issues/816

• table.py 修改

      test_element = 0
      if has_data:
            test_element = self[0, 0]
            if isinstance(test_element, ndarray):
                test_element=  test_element.item()

• 转换经典表格为HDF5或JSON格式

biom convert -i table.txt -o table.from_txt_json.biom --table-type="OTU table" --to-json
biom convert -i table.txt -o table.from_txt_hdf5.biom --table-type="OTU table" --to-hdf5

• 转换biom为经典格式

biom convert -i table.biom -o table.from_biom.txt --to-tsv

• 转换biom为经典格式，并在最后列包括物种注释信息

biom convert -i table.biom -o table.from_biom_w_taxonomy.txt --to-tsv --header-key taxonomy

• 转换biom为经典格式，并在最后列包括物种注释信息，并改名为ConsensusLineage
• 此功能对于一些软件要求指定的列名有很有用。

- biom convert -i table.biom -o table.from_biom_w_consensuslineage.txt --to-tsv --header-key taxonomy --output-metadata-id "ConsensusLineage"

• 带物种注释表格互转

biom convert -i table.biom -o table_tax.txt --to-tsv --header-key taxonomy
biom convert -i table_tax.txt -o new_table.biom --to-hdf5 --table-type="OTU table" --process-obs-metadata taxonomy
biom convert -i table_tax.txt -o new_table.biom --to-json --table-type="OTU table" --process-obs-metadata taxonomy