微生物组数据学习笔记

Microbiome微生物组：研究微生物 、基因组及与宿主互作的全部。
Microbiota微生物群：与微生物组同义，仅指16S扩增子研究细菌组。
Metagenome宏基因组：狭义仅指宏基因组测序分析基因组和功能基因，广义泛指研究微生物组的学科。

人宿主约25000基因，人肠道菌约2-3million基因，species通常大于160种[1]

流程：样本--数据--质控--分析

扩增子（Marker gene）：提DNA--扩增测序--质控--多样性分析
宏基因组：提DNA--打断测序--质控、组装、注释--多样性分析
宏转录组：提RNA--cDNA建库--质控、组装、注释--基因表达功能

数据质量：

测序错误：引入了引物、PCR或测序引入的碱基错误
嵌合体：扩增产物中占1%~20%，De novo去除和基于参考数据库SILVA去除

资源：

16S相关数据库：RDP II [2]、rrnDB [3]、silva [4]、GreenGenes [5]
基因组：GenBank [6]、PATRIC [7]、GOLD [8]、Ensemble Genomes [9]
微生物组：EBI Metagenomics [10]、MG-RAST [11]、HMP DACC [12]
功能： KEGG、CARD、UniProtKB、Gene Ontology

参考文献

1. https://mp.weixin.qq.com/s/bl2Bu_NNYZMiAXAkM0Vl1Q?
2. https://academic.oup.com/nar/article/31/1/442/2401245
3. https://rrndb.umms.med.umich.edu/
4. https://academic.oup.com/nar/article/35/21/7188/2376260
5. https://www.nature.com/articles/ismej2013200
6. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
7. https://www.patricbrc.org/
8. https://gold.jgi.doe.gov/
9. http://ensemblgenomes.org/
10. www.ebi.ac.uk/metagenomics/
11. www.mg-rast.org
12. www.hmpdacc.org