本项目包括几个用于基序匹配、序列分析、读取和处理 FASTA 文件以及在 FASTA 文件中匹配 G4 序列并将结果写入 BED 文件。
本项目使用 Java 编写，使用多线程处理，支持并行和串行两种方法。在最大程度上提高筛选速度。
java -jar G4-Fasta2Bed.jar <input_fasta_file> <cache_folder> <output_Folder> [Parameters]
-aP 方法执行。-aP：使用并行方法进行处理。-aS：使用串行方法进行处理。-f：只生成正链的 G4 BED 文件。-r：只生成负链的 G4 BED 文件。-h：显示帮助信息。java -jar G4-Fasta2Bed.jar input.fasta cacheFolder outputFolder -aP
输出结果示例
需要准备的文件是序列信息bed格式文件或者GRanges格式文件 比如有一个bed文件： 我习惯保存为GR格式： ...
一个从 fasta 文件中随机抽取序列的脚本。
一个 fasta 小工具，主要用来格式化fasta序列的，也可以实现 fasta 核酸序列转为 pep 蛋白序列。...
看两个fasta的格式，一个是单行的序列，一个是格式化后的序列 题目：提取id1和id2的序列，并组成fasta格...
计算FASTA文件中每条序列的长度输入文件fasta.txt 脚本如下，脚本名：get_fasta.pl 运行脚本...
1、格式化fasta序列 目的：将fasta文件中，每行序列碱基数设置为我们预期的数目。思路：每隔70个碱基插入一...
使用Python对fasta格式的序列进行基本信息统计预期设计输出文件中包括fasta文件名，序列长度，GC含量以...
本文参考用sed处理FASTA序列中的特殊符号,使用,fasta[https://www.pythonf.cn/r...
1. 将fasta中的header name替换为对应的fasta文件名 2. 提取fasta文件第一条序列信息 ...
Python学习的第四天，有点懈怠了没坚持每天一更。 1. RNA序列转换成蛋白序列 2. 从fasta序列文件中...
本文标题：从Fasta中筛选出G4序列并保存为BED
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