凝胶是厚而易碎的基质，这使得操作与温浴都很困难。如果要对胶内的内容物进行杂交，必须将内容物从凝胶引导到硝酸纤维素膜或者尼龙膜上。这一过程称为转移。
转移之后，滤膜与一个探针温浴，观察探针是否能与滤膜上的分子杂交。探针由放射性元素或者其他指示剂标记，所以可以被检测。滤膜与探针的杂交称为印迹。
第一次使用印迹技术是由Southern 描述的， 因此， 这种印迹被称为Southern 印迹。
不同种类的模板与探针的使用有不同的名称。
Southern 印迹：滤膜上的DNA 由DNA 探测。
Northern 印迹：滤膜上的RNA 由DNA 或者RNA 探测。
Western 印迹：滤膜上的蛋白质由抗体探测。
Southwestern 印迹：滤膜上的DNA 由蛋白质探测。
Middle eastern 印迹：Poly (U) 来源的滤膜由mRNA 探测。
生物材料由凝胶转移到滤纸或膜上有三种方法：
毛细管转移：用千DNA 和RNA 。
真空转移：用于DNA 和RNA 。
电泳转移：用于DNA 、RNA 和蛋白质。主要有两种装置来做印迹，都是利用电流来驱动分子向阳极方向转移到膜上。分别是干式转膜仪或半干式转膜仪（电流是由浸在阳极与阴极转移缓冲液中的滤纸来携带的）和湿式转膜仪（其中凝胶与膜都浸在转移缓冲液中） 。电泳转移需要能输出高电流的电源装置。
＊滤膜
市售的膜有整卷的或大小预先裁剪好的两种。除非实验室每个人使用同样大小的凝胶，否则购买整卷的。
裁剪或移动任何滤膜的时候要戴好手套。手指上的油脂会阻碍转移。
用干净的平头摄子夹取滤膜。锋利或尖的摄子会戳坏滤膜。
转移用膜的选择主要是尼龙（种类繁多）和硝酸纤维素膜（普通型或者易于操作的乙酸纤维索增强型） 。
尼龙膜最适合核酸。耐用、与核酸结合能力强、膜上物质可以脱去而用于多次杂交。尼龙往往染色背景较深，因此杂交过程中需要高浓度的封闭液。阳离子化的尼龙膜最适宜核酸，因为与核酸的结合并不依赖于缓冲液的离子强度。核酸不能通过电泳转移到硝酸纤维素膜上。
硝酸纤维素膜最适合某些蛋白质，
而尼龙膜最适合于另一些。尼龙通常有更强的结合能力，但是有些蛋白质根本不结合。如果不得不使用硝酸纤维素膜，使用增强型的硝酸纤维素膜。可以尝试一下PVDF
（ 聚偏二征乙烯） 尼龙膜。硝酸纤维素膜和尼龙膜的实验方案很不一样。实际上，不同类型的尼龙有不同的实验方案。
一般不需要担心孔的大小， 0.45μm 是标准。较小孔径的滤膜可以用于专门用途。
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