在德国进行疯狂扩张的同时，东方的社会主义国家苏联也在用自己独特的方式进行侵略和扩张。1939年9月1日，德国入侵波兰，波罗的海小国爱沙尼亚幻想以保持中立的方式换取和平，但是一艘潜艇的突然造访，使得爱沙尼亚的美梦彻底破碎。
“雄鹰”号潜艇是荷兰于1939年2月制造出的一艘隶属于波兰海军的新型潜艇，该潜艇排水量1473吨，水面航速20节，装备有12根550毫米的鱼雷发射管，配有20枚鱼雷，舰上还装有一门105毫米的火炮，一台40毫米双联高射炮和一挺双管机关枪，艇上成员可达60人。
9月中旬，“雄鹰”号因故障前往瑞典进行维修，维修期间，艇长因身体不适而被医生怀疑他得了伤寒，由于害怕传染，9月14日晚，潜艇来到爱沙尼亚首都塔林给艇长治病，到了塔林之后，艇长被确诊只是劳累过度，留在了塔林治疗。由于德国对波兰开战，9月15日，德国驻爱沙尼亚大使要求爱沙尼亚扣留“雄鹰”号，爱沙尼亚政府只得照办。9月17日，苏联出兵波兰，艇长得知这一消息后，决定以武力夺回潜艇，9月17日晚，波兰水兵夺取潜艇，逃离了塔林。苏联方面得知这一消息后，开始向爱沙尼亚政府施加压力，9月19日，苏联声称“雄鹰”号对苏联的船只构成了威胁，苏联将不承认爱沙尼亚对它沿海的水域拥有主权，它将由苏联来保卫。同时，苏联开始向爱沙尼亚边境调集重兵，并且将飞机和军舰开进爱沙尼亚的领空和领海进行示威。
为了缓解危机，9月24日，爱沙尼亚外交部长谢利捷尔亲率代表团到莫斯科谈判，9月27日，双方在莫斯科签订了《苏爱互助条约》，苏联红军被允许进入爱沙尼亚，爱沙尼亚还在帕尔迪斯基、哈普萨卢、萨列马岛和希乌马岛建立了海军和空军基地。在“和平侵略”了爱沙尼亚后，苏联又用武力驱使拉脱维亚和立陶宛分别在10月5日和10日与苏联签订了《苏联与拉脱维亚互助条约》、《苏联和立陶宛互助条约》。波罗的海三国被苏联不费吹灰之力的占领了。
在鹰击不列颠的同时，希特勒也在计划着进攻苏联。1940年夏，希特勒向德国高层透露了自己打算入侵苏联的想法，这一想法在德军高层中引起了反响，德军高级将领普遍认为，现在德国正处于鼎盛时期，时机对于德国来说极为有利。7月21日，陆军总司令布劳希奇在德国最高统帅部会议上作了对苏作战的报告，他对最高统帅部的意见表示乐观，并且认为侵苏战争应该在1940年就开始。
7月31日，希特勒在伯格霍夫召开军事会议，希特勒在会议上详细的叙述了他的作战计划，他认为只占领俄国的一部分领土是不够的，要一举摧毁苏联。希特勒强调说：“要消灭俄国的有生力量，这才是目的！首先要发动两个攻势，一个是在南方的基辅和第聂伯河发动进攻，另一个是在北方通过波罗的海三国，向莫斯科发起进攻，两支部队将在莫斯科会师，并且发动一次特殊的战役来夺取高加索的巴库油田，在此之后，德军将吞并乌克兰、白俄罗斯和波罗的海沿岸诸国。”希特勒计划用120个师进行整个战争，留下60个师来保卫西线和斯堪的纳维亚半岛。进攻将在1941年5月开始，用5个月时间完成。他补充说道，他本来想在今年实施，可是现在看来已经不可能了。
8月26日，希特勒下令从西线向波兰派遣10个步兵师和2个装甲师，他命令，装甲部队要集中在波兰东南部，以保护罗马尼亚油田。希特勒当然知道大规模的兵力调动肯定会引起苏联的怀疑，于是命令德国驻苏联大使通知苏联总参谋部说，这个调动只是派年轻的士兵接替复员的老兵。11月28日至12月3日，在德国陆军总参谋部第一军军需部长鲍罗斯的带领下，德军进行了一系列军事演习，以便对方案存在的主要问题进行审查。12月5日，方案的制定者们与希特勒进行了讨论，将要进行这一作战的3个集团军的参谋长各自研究了有关的战略问题，他们深切地感到了空间和人力上的困难。
1940年的苏德边境始于梅默尔的波罗的海，沿旧东普鲁士——立陶宛边界延伸，接着向西进入波兰，形成一个突出的弧形地，然后向西延伸到布列斯特——里托夫斯克，接着继续向南伸展，直到匈牙利，全长约1100千米。乌克兰罗马尼亚边界沿普鲁特。河至黑海，长约720千米。另外，在俄罗斯欧洲部分西部的中央，布列斯特——里托夫斯克边界线东南，有一片南北宽约240千米，纵深约480千米的沼泽地。复杂的地形使得德国部队无法集中，无法有效的组织防御和进攻。
听了几位将军的报告，陆军总司令布劳希奇深感忧虑，他怀疑德国空军是否有能力同时对英、苏两国作战，但是希特勒自信地认为德国空军可以做到这一点。希特勒认为德军的首要任务就是占领莫斯科，至于西伯利亚地区和乌拉尔地区可以暂时不去占领。
12月17日，总参谋部制定出的第21号训令摆在了希特勒的桌子上。希特勒对这个计划并不十分满意，他把计划稍作了修改，明确规定：要优先保证肃清波罗的海的敌人，夺取列宁格勒和喀琅施塔得，为此目的，中央集团军群需要往北抽调大量的装甲部队。只有完成上述目标，才能恢复对莫斯科的攻势。而且希特勒认为不应该把计划命名为“奥托”，而应该命名为“巴巴罗萨”。18日，希特勒在地下指挥部里向他的高级将领们宣布了第21号训令，正式启动“巴巴罗萨计划”。
巴巴罗萨是德皇腓特烈一世的绰号，德语意为“红胡子”，希特勒把进攻苏联的计划命名为这个名字，是为了使这场战争带有圣战的意味，而且也使它充满了迷信色彩。
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