在做gwas分析的时候,使用admixture计算的群体结构,选择CV error最小的值作为最佳分群数,想用一张简单的折线图表示出来,记录一下自己的分析过程。
require(ggplot2)
setwd("C:\\Users\\711\\Desktop\\) ## 更改工作路径
list.files() ## 查看路径下的文件
df <- read.table("./cv_error.txt",header = T,sep = "\t")
head(df)
p <- ggplot(data = df,mapping = aes(x=K,y=CV_error))+
geom_line(colour="cornflowerblue")+ ## 设置线条的颜色
geom_point(size=2,shape=20,color="cornflowerblue")+ ## 设置折点的颜色、形状、大小
scale_x_continuous(name = "K",breaks = c(1:20))+ ## x轴名称,间隔
scale_y_continuous(name = "CV error")+
theme_bw()+
theme(panel.background = element_blank(),panel.border = element_blank(),panel.grid.major = element_blank(),panel.grid.minor = element_blank(),axis.line = element_line("black",size =0.8 ),axis.text = element_text(face="bold", color="black", size=8),axis.title =element_text(size = 15, color = "black")
## 去除背景颜色、网格线、设置坐标轴刻度字体大小、粗细、颜色
CV_error.txt
折线图
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