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使用ggplot2绘制折线图

使用ggplot2绘制折线图

作者: 123678 | 来源:发表于2020-10-13 14:47 被阅读0次

在做gwas分析的时候,使用admixture计算的群体结构,选择CV error最小的值作为最佳分群数,想用一张简单的折线图表示出来,记录一下自己的分析过程。

require(ggplot2)
setwd("C:\\Users\\711\\Desktop\\)                            ## 更改工作路径
list.files()                                                 ## 查看路径下的文件
df <- read.table("./cv_error.txt",header = T,sep = "\t") 
head(df)
p <- ggplot(data = df,mapping = aes(x=K,y=CV_error))+
  geom_line(colour="cornflowerblue")+                        ##  设置线条的颜色
  geom_point(size=2,shape=20,color="cornflowerblue")+        ##  设置折点的颜色、形状、大小
  scale_x_continuous(name = "K",breaks = c(1:20))+           ##  x轴名称,间隔
  scale_y_continuous(name = "CV error")+
  theme_bw()+
  theme(panel.background = element_blank(),panel.border = element_blank(),panel.grid.major = element_blank(),panel.grid.minor = element_blank(),axis.line = element_line("black",size =0.8 ),axis.text = element_text(face="bold", color="black", size=8),axis.title =element_text(size = 15, color = "black")
  ## 去除背景颜色、网格线、设置坐标轴刻度字体大小、粗细、颜色
CV_error.txt
折线图

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