科学可以解释我们可看到的东西似乎有些道理，起码直觉上我们可以接受，但是对于我们看不见的东西凭什么科学也企图进行解释？比如，原子、细胞、微生物。这就引出了科学哲学史上的两个派别：科学实在论和科学反实在论。
【下面开始撕】
科学实在论者认为科学的目的在于为世界提供一种正确的描述；但是反实在论者认为科学的目的在于对世界的“可观察部分”提供一种正确的描述。反实在论并不是反对科学，而是认为关于不可观察的世界的理论仅仅是为了解释可观察的数据而建立的（故又被称为“工具论”），其本身并不存在描述实在之本质的能力。因此，他们认为，对于不可观察的世界的理论可能正确可能错误，但是我们没办法判别。
科学实在论者看不下去了，但是却没有绝对完美的反驳，他们发展出一种叫“无奇迹说”的观点：不可观察实体存在的理论在经验上是成功的（历史和现实表明），他们对于可观察的世界做出了准确的预测，如果说这一理论是错误的，除非发生了奇迹。这段话听起来就有点让人呵呵哒了，其并没有证明是在轮的正确性，而是仅仅提供了一个合理性的论点。
反实在论者明显抓住了这个小辫子，他们声称：许多科学史例告诉我们，即使经验上是成功的理论，可能也是错误的。这样的例子确实挺多，历史上淘汰了多少曾经被奉为信条的所谓的科学理论呀！
反实在论者的反驳很有力量，科学实在论者对此做出了自己的回应：第一，理论就不可观察的世界所描述的内容是近似为真，而非完全正确，所以可以说现今的科学理论大致是正确的；第二，经验成功并不仅仅指可以描述已知数据，而且还能预测新的数据，因此许多反实在论所提出的科学史例也就排除了。
但是，问题来了：实在论者的第一条回应听着就奇怪，什么叫“大致是正确的”？第二条回应依然是没有完全解决这个问题，因为即使有许多科学史例被排除了，但是仍旧存在的一个反例，那就是1690年首次由克里斯蒂安·惠更斯提出的光的波动理论。
按照这一理论，光是由“以太”这种不可见的介质中的波状振动构成的，而以太被认为充满着整个宇宙。（波动说的竞争理论是牛顿支持的光的微粒说，微粒说坚持光是由光源放出的极小微粒构成的。）直到法国物理学家奥古斯丁·菲涅耳在1815年用公式表示了光的波动理论的数学形式，并将其用以预测一些令人惊奇的新光学现象，这一理论才被广为接受。光学实验证实了菲涅耳的预测，并且使许多19世纪的科学家相信光的波动理论是正确的。然而，现代物理学又告诉我们这一理论并不正确：并不存在类似以太这样的物质，所以光并不是由以太中的振动组成。我们再次碰到一个错误的但在经验上成功的理论。
然而！科学实在论者发怒了：那你丫的说说什么才是可观察的什么才是不可观察的？？？！！！
这就引到反实在论者的核心理论上去了。这方面最主要的哲学家是马克斯韦尔，他认为对于什么是可观察的什么是不可观察的是不可能有明显的界限的，就像秃子和非秃子并没有明显的界限。（这个很容易理解）
可是，反实在论者要说话了：没有明显的界限就意味着这种划分不重要吗？为什么我们还是知道什么是秃子什么不是？因为有头发和绝对没有头发都是两个明确的非秃子和秃子的例子。也就是说，即使没有明显的界限，你能说秃子就不存在吗？不能。所以，即使没有明显的界限，你能说不可观察的事物就不存在吗？同样不能。
科学实在论者：是，你们说的很有道理，但是你们并没有说明为什么不可观察的实在就不能对其进行认知呢？
反实在论者就这个问题，发展出了一种解释，被称为“不充分论证说”：仅从可观察的数据并不能指向单一的理论。也就是说，同一份数据可能可以由许多不同的并且互相不兼容的理论进行解释。
科学实在论者：话虽如此，但是并不意味着每一种理论都一样好呀！
可是评判谁好谁坏的标准是什么呢？
似乎又回到了“最佳说明推理”上去了，但是科学实在论者避免了这一点，他们从另一个角度反驳：如果运用“不充分论证说”，这世界上的许多知识都得抛弃了，但是事实上它们中的大部分都被保留了下来呀！
…………
这样的科学撕史从没有停止过，其实我们可以看到，他们的说法各自都有道理也各自都有缺陷，具体有没有标准答案我们并不知道，但是科学依然不停地在向前发展，似乎并没有受到这些争论的很多影响。因此，有很多科学家很鄙视哲学家，科学发展到今天已经进步了不知道多少，但是哲学似乎几千年来都在探讨那几个问题并没有什么特殊的变化。这样的评判公平吗？显然不公，如果没有哲学家的质疑，世界将是多么的疯狂！
从科学哲学家的辩论中，我们也可以看到一个趋势，那就是大部分的讨论都最终指向一个问题：数据是否可以通过归纳得出理论？实际上，科学为我们提供的理论基本都是由归纳得出的。
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