专用合同条款是对通用合同条款原则性约定的细化、完善、补充、修改或另行约定的条款。合同当事人可以根据不同建设工程的特点及具体情况，通过双方的谈判、协商对相应的专用合同条款进行修改补充。
一、使用专用合同条款的注意事项
在使用专用合同条款时，合同当事人应注意以下事项：
1.专用合同条款的编号应与相应的通用合同条款的编号一致；
2.合同当事人可以通过对专用合同条款的修改，满足具体建设工程的特殊要求，避免直接修改通用合同条款；
3.在专用合同条款中有横道线的地方，合同当事人可针对相应的通用合同条款进行细化、完善、补充、修改或另行约定；如无细化、完善、补充、修改或另行约定，则填写“无”或划“/”。
二、同一合同项下的通用合同条款和专用合同条款对同一事项所作出的不同约定法律效力的认定
同一建设工程施工合同项下的通用合同条款和专用合同条款对同一事项作出了不同的约定，如何认定不同约定的法律效力，需要结合合同中通用合同条款和专用合同条款的不同地位以及合同解释的有关规定加以分析认定。
首先，通用合同条款一般是指工程建设主管部门或行业组织为合同当事人订立合同的便利，针对建设工程领域的共性问题，给合同当事人提供的可通用的合同条款和范本。通用合同条款作为格式条款，不是合同当事人事先通过谈判、协商一致后确定的条款。而专用合同条款则是合同当事人根据各方需要，针对合同项下工程项目的具体事项，经过谈判协商而作出的相应约定，系合同当事人协商一致的结果。在专用合同条款就同一事项作出与通用合同条款中示范性内容不一致的约定时，应该理解为合同当事人通过协商对通用合同条款中的相关事项进行了修改或者变更等，此时合同当事人应该遵从专用合同条款的约定。针对合同法律文本适用的先后顺序，《示范文本》通用合同条款第1.5条有相关规定，专用合同条款也允许双方当事人作出与通用合同条款规定不一致的约定，在专用合同条款已有另行约定的情形下，两者内容不一致的，应适用专用合同条款中合同当事人约定的内容。
其次，如前所述，通用合同条款是格式条款，而专用合同条款是合同当事人协商确定的非格式条款。根据《民法典》第498条规定，格式条款和非格式条款不一致的，应当采用非格式条款。
三、专用合同条款中未明确约定 “逾期默认”条款的不宜简单按照该规则予以适用
“逾期默认”条款在性质上属于法律拟制，关于其概念及其法律效力，这在前文中已作详细分析，这里就不再赘述了。
（2019）最高法民再110号民事裁定书认为，根据原《建设工程施工合同解释》第20条（现第21条）关于“当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持”的规定，承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款，其前提必须是当事人对“发包人在约定期限内不予答复即视为认可竣工结算文件”这一内容有明确的约定，即必须是双方当事人协商一致的结果。2006年4月25日最高人民法院作出的〔2005〕民一他字第23号《复函》进一步明确：建设工程施工合同格式文本中通用条款的约定，不能简单地推论出，双方当事人具有发包人收到竣工结算文件一定期限内不予答复，则视为认可承包人提交的竣工结算文件的一致意思表示，承包人提交的竣工结算文件不能作为工程款结算的依据。尽管该《复函》中所述合同格式文本中具体通用条款的条目与本案所涉合同格式文本中通用条款的条目有所不同，但该《复函》的实质精神是明确的，即双方当事人必须具有“发包人收到竣工结算文件一定期限内不予答复，则视为认可承包人提交的竣工结算文件”的一致意思表示，才能据此办理。就本案而言，通用合同条款确定了发包人对承包人结算资料的审查时限，同时也确定了发包人逾期未提交审查意见的法律后果（即视为认可承包人提交的竣工结算文件）；专用合同条款仅约定发包人对承包人结算资料的审查时限，而未约定发包人逾期未提交审查意见的法律后果。这种情况下不能作出发包人即接受了通用合同条款所预设的法律后果的解释，因为“视为认可承包人提交的竣工结算文件”这一责任后果，相对于发包人承担的在约定期限内不予答复的不利后果而言，并不具有唯一性。因此，在本案中不应作出“双方就‘发包人收到承包人竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件’达成了一致约定”这一事实的认定。
四、专用合同条款在通用合同条款的具体范围之外所作出的”另行约定“，只要未在实质性条款方面与招投标文件不一致，不违反法律、行政法规，不违背公序良俗，就应认定有效
海淀法院网”以案说法“栏目以”合同约定起诉方负担对方律师费，约定有效获法院支持“为题刊载了一起案例，在这起案例中，关于城港公司辩称依照涉案分包合同专用条款第30条第（3）项“起诉方负责对方律师费用”的约定，其应付工程款中应扣除本案律师费，精典公司同意在本案中一并处理，法院不持异议。精典公司主张该条款为霸王条款，法院认为该条款系双方在专用条款中协商拟定，且该条款中的起诉方并不限于承包人，不属于霸王条款，应系合法有效。故城港公司欠付的工程款中应扣除其花费的律师费6万元，精典公司主张该律师费过高，但缺乏相应依据，法院对其主张不予采纳。
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