我们一般在利用clusterProfiler做GO富集的时候，往往都是默认用全部基因集去当背景集去做的，由于富集分析的假设检验利用的是fisher检验，传送门：fisher检验
因此，我们利用GO函数：
ego <- enrichGO(
gene = gene$entrzID,
keyType = "ENTREZID",
universe = names(geneList), #背景基因集
OrgDb = org.Hs.eg.db,
ont = "CC",
pAdjustMethod = "BH",
pvalueCutoff = 0.01,
qvalueCutoff = 0.05,
readable = TRUE)
利用参数universe来指定背景集的基因，如果没加则代表默认采用全部基因作为背景集
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本文标题：clusterProfiler挑选背景集做GO富集
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/kulthltx.html
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