这里我们学习一个用来做基因的GO和KEGG富集分析的R包。
clusterProfiler是Bioconductor的软件包，可以对基因集合或基因cluster进行功能聚类的统计分析和可视化。下载说明文档及安装包的地址为：
http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.html
clusterProfiler功能有以下几个方面：
功能富集分析
富集结果可视化
一、功能富集分析
1.GO富集分析
具体方法为：
enrichGO <- enrichGO(gene = gene, universe = names(geneList),organism = “human”, ont = “CC”, pvalueCutoff = 0.01, readable= TRUE)
该函数以geneList作为背景基因集，pvalue=0.01做为阈值，在GO 的CC分类上对基因集合进行富集分析。
2.KEGG富集分析
所用函数为：
enrichKEGG <- enrichKEGG(gene = gene,organism = “human”, pvalueCutoff = 0.01, readable= TRUE)
该函数将基因集合以0.01为阈值进行KEGG的通路富集。
另外，还可以对基因集合做DO(disease ontology)及Reactome pathway富集分析。具体函数可参加说明文档。
二、富集结果可视化
1 可以对KEGG的通路可视化（以通路hsa04110为例，具体方法为：）
require(pathview)
Hsa04110 <- pathview( gene.data = geneList, pathway.id = ”hsa04110”, species=”hsa”, limit=list(gene = max(abs(geneList))),cpd=1)
2 对GO富集的结果可视化
具体方法为：
Barplot(ggo,drop=TRUE,showCategory = 12)
结果输出的是ggo富集记过中前12位的条目
比较基因集合的生物学功能
利用compareCluster函数，可以自动计算每个基因集所富集的功能分类。具体方法为：
Compare <- compareCluster(geneCluster=geneset, fun=”enrichKEGG”)
网友评论