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gtf格式的基因组注释文件转bed12格式(2018-05-30

gtf格式的基因组注释文件转bed12格式(2018-05-30

作者: 简单点lili | 来源:发表于2018-05-30 09:45 被阅读0次

    转自:http://weixin.niurenqushi.com/article/2017-07-01/4972977.html

    关于格式的详细说明链接: https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1

    这个将gtf转为bed12的脚本名为gtf2bed,源码都在github上,链接如下:https://github.com/ExpressionAnalysis/ea-utils/tree/master/clipper

    或者也可以通过网盘直接下载: https://pan.baidu.com/s/1pLt1VPh .

    使用方法很简单,就两个参数,一个是待转换的gtf文件,一个是输出文件名,拿hg19的lncRNA的注释文件gencode.v19.long_noncoding_RNAs.gtf举例:

    ./gtf2bed gencode.v19.long_noncoding_RNAs.gtf >gencode.v19.long_noncoding_RNAs.bed

    转玩后将gtf和bed格式的文件放到IGV里就可以查看lncRNA的转录本信息:

    上图中上面的红框是基因(gtf文件),下面的红框是每个基因所对应的转录本(bed12文件).

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